石蒜植物EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发开题报告

1. 研究目的与意义

石蒜属植物是重要的药用和花卉植物。

为了解石蒜属植物遗传背景，本论文选择利用GeneBank数据库中有关石蒜属植物的EST序列、本课题组完成的石蒜和稻草石蒜RNA-Seq测序结果为研究材料，利用生物信息学方法对目前已知的石蒜植物进行进行SSR分析，开发出石蒜植物的SSR分子标记，为今后进行石蒜植物的居群遗传结构、遗传多样性分析和地理种源研究提供基础。

2. 国内外研究现状分析

20世纪 80年代后期，美、英等国科学家首先将限制性片段长度多态性 ( restriction fragment length polymorphism, rflp)技术应用于植物基因组作图。

同年 chao等的研究结果也显示组成六倍体面包小麦的3个双倍体基因组基因顺序几乎完全相同。

这两项研究揭开了比较基因组学研究的序幕。

3. 研究的基本内容与计划

一、研究内容GeneBank数据库中有关石蒜属植物的EST序列和稻草石蒜RNA-Seq测序结果的SSR位点查找及分类研究二、研究计划第一阶段13周：开题，查资料，准备下载实验所需数据第二阶段410周：对下载EST数据和完成的石蒜和稻草石蒜RNA-Seq测序结果进行整理分析第三阶段1012周：实验结果的PCR验证第四阶段1316周：论文撰写与答辩

4. 研究创新点

1、首次对NCBI上现有石蒜EST序列进行SSR的整理与分析2、首次对稻草石蒜品种进行深入的转录组测序，同时将其结果与SSR查找相结合。