本地基因数据库建立和检索开题报告

1. 研究目的与意义

生物信息学是当前的热点研究课题，很多研究者对人类基因组、水稻基因组等常见的动植物进行研究，对于茯苓的基因组研究目前还未见报道，本课题是为了实现本地化的数据库查询，为下一步的茯苓基因组研究打下基础。

2. 国内外研究现状分析

生物信息学（bioinformatics）是近年来发展并完善起来的热门交叉学科。

近年来随着快速序列测定、基因重组、多维核磁共振、同步辐射、机器人等技术的应用，生物学实验数据呈爆炸趋势增长，同时计算机和国际互联网络的发展使对大规模数据的贮存、处理和传输成为可能。

现在某一实验室的研究成果一经进入生物信息网络便为全球科学共享，生物信息学作为一门新的学科领域，它是把基因组dna序列信息分析作为源头，在获得了蛋白质编码区的信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。

3. 研究的基本内容与计划

拟下载整个植物基因组到本地计算机，并利用blast程序建立搜索引擎实现本地化的数据库查询：

（1） 获取blast数据库，熟悉blast程序以及其包含的独立程序blastn，blastp，blastx

（2） 了解blast的算法

4. 研究创新点

早期的序列比对是全局的序列比较，但由于蛋白质具有的模块性质，可能由于外显子的交换而产生新蛋白质，因此局部比对会更加合理。利用blast这一基于序列相似性的数据库搜索程序将本为非常繁琐的基因搜索与分析过程变得相对简单，为下一步的茯苓基因组研究打下基础。