构建以元件为目标导向的基因簇查新平台开题报告

 2021-10-23 21:44:23

1. 研究目的与意义(文献综述包含参考文献)

1.生物合成基因簇生物合成基因簇(biosynthetic gene clusters)bgc,是参与生产专门代谢产物的有组织基因群组。

一个bgc通常负责产生一种或者几种具有生物活性的相似化合物次级代谢产物:微生物生长到一定阶段才产生的化学结构十分复杂、对该生物无明显生理功能,或并非是微生物生长和繁殖所必要的物质,主要来源是放线菌、真菌等。

次级代谢产物的编码基因通常在基因组中成簇存在,编码具有多种功能的复合酶。

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2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案

1 本课题要研究或解决的问题:利用mibig及antismash在线网站收集天然产物数据,使用chemsuite构建靶向(聚酮类)化合物及其修饰/变构分子的数字表征模型。

构建并训练本地机器学习预测模型并与prism3和 nrpspredictor2等预测方法比较。

2 本课题拟采用的研究途径:1)编写程序,表征靶向(聚酮类)化合物的骨架变构及功能团修饰特征。

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