利用信息生物学方法鉴定与马铃薯块茎相关的未知蛋白开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

本课题研究马铃薯constans基因下游未知基因蛋白，对研究马铃薯块茎形成的光周期调控机制具有重要意义。

目前已经知道马铃薯块茎形成的光周期调控是以光敏素PHY为受体，PHY基因下游constans基因对块茎的形成有负调节作用，而constans下游基因的功能尚不清楚。

2. 研究的基本内容和问题

本课题拟利用生物信息学方法，对马铃薯constans基因下游未知基因cDNA序列（2-EST、27、59-B1、62-A1）进行分析与鉴定，预测其蛋白功能域、结构域、一级结构等，从而研究马铃薯块茎形成的光周期调控机制。

通过对未知蛋白的初步鉴定及预测，为接下来通过实验检测分析这些未知蛋白打好基础。

3. 研究的方法与方案

本课题通过生物信息学方法，分析未知蛋白cDNA序列，预测其属性及功能。

其具体的流程如下： cDNA序列 ↓ NCBI、ProtParam、ProtScale、TMHMM、SMART、SOPMA ↓同源性分析、蛋白质理化性质分析、蛋白质一级结构分析、疏水性分析、蛋白质二级结构分析、结构功能域分析

4. 研究创新点

生物信息学是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域及核心领域，人类目前正是处在以生物信息学为中心的后基因组时代，因此利用生物信息学方法分析未知序列具有重要意义。

而马铃薯constans基因下游基因功能目前是未知的，通过本课题，正可以去探索这些基因的功能，从而也对块茎形成的光周期调控机制有所补充。

5. 研究计划与进展

本课题研究计划：2014.3 5月：将对转入反义constans基因的马铃薯进行培养，接代，然后通过pcr进行转基因马铃薯遗传稳定性的验证。

2014.55.20：对实验室已经得到的未知基因的cdna序列通过生物信息学方法进行分析，预测其属性及功能。

通过以上研究，获得预期进展为初步预测未知基因蛋白的属性及功能。