猪圆环病毒3型全基因组扩增与序列分析开题报告

 2022-02-08 20:08:51

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

猪圆环病毒相关性疾病(porcine circovirus associated diseases, pcvad)是存在于全球养猪业的一种重要疾病,造成猪只生长变缓,死亡率增加,对猪场造成严重的经济损失[1]。

引起猪圆环病毒相关性疾病的猪圆环病毒(porcine circovirus,pcv)是人类目前为止发现的最小动物病毒[2]。

圆环病毒属于圆环病毒科、圆环病毒属成员,是一种共价闭合、单股环状dna病毒,主要分为圆环病毒1 型(pcv1)、圆环病毒2型(pcv2)、圆环病毒3型(pcv3)[3]。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标:用pcr方法从病料中检出pcv3阳性样品,完成pcv3全基因组测序,并进行序列分析。

研究内容:(1)从病料中检出pcv3阳性样品(2)建立pcv3全基因组序列扩增方法(3)pcv3全基因组测序及序列分析拟解决的关键问题:(1)通过梯度pcr确定最佳退火温度,获得最佳反应条件。

(2)pcr扩增全基因片段,得到全基因序列。

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3. 研究的方法与方案

研究方法:(1) pcv3全基因组序列扩增方法的建立:梯度pcr确定最佳反应条件。

(2)pcv3全基因组测序及序列分析:对pcv3阳性样品进行全基因组序列扩增;全基因组序列扩增产物送测序(或ta克隆后送测序);(3)对pcv3不同毒株的全基因组序列进行遗传变异分析。

技术路线:从病料中提取dna↓检出pcv3阳性样品↓建立pcv3全基因组序列扩增方法↓优化反应条件↓pcv3阳性样品全基因组序列测定↓遗传变异分析实验方案:(1)从猪场取病料,进行临床样品处理及核酸提取;(2)合成pcv3检测引物及全基因组序列扩增引物;(3)用pcv3检测引物检出pcv3阳性的临床样品。

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4. 研究创新点

PCV3作为一种新发现的动物病毒,目前需要对国内现有毒株进行广泛的全基因组序列扩增及遗传变异分析,研究PCV3的流行及进化规律,为该疫病的防控奠定基础。

5. 研究计划与进展

2017.09.01-2017.09.30从病料中提取dna。

合成检测引物、全基因扩增引物。

2017.10.01-2017.10.15用检测引物进行pcr,筛选出pcv3阳性样品。

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