1. 研究目的与意义
东方鲀属鱼类属于硬骨鱼纲、鲀形目。
在我国沿海分布甚广,产量大。
因体形似豚,常在河口捕到,故江、浙一带叫河豚[1]。
2. 研究内容和预期目标
主要研究内容:本文选取暗纹东方鲀属鱼类细胞mtDNA细胞色素氧化酶亚基基因进行研究,采用PCR方法,从东方鲀属鱼类组织细胞中克隆mtDNA细胞色素氧化酶亚基基因序列并测序,进行相关生物信息学分析和系统发育的分析。
预期目标: (一)鲀科鱼类基因组DNA的提取 (二)目的片段PCR扩增 (三)目的片段鉴定以及序列测序 (四)mtDNA细胞色素氧化酶亚基基因序列的结构以及分子进化分析。
3. 研究的方法与步骤
(一)鲀科鱼类基因组dna的提取1.1 实验材料与试剂 采用暗纹东方鲀活体解剖的新鲜肌肉与肝脏为材料(剩余材料在零下七十度冰箱保存)ste缓冲液、水饱和酚、氯仿、醋酸钠、无水乙醇、sds、蛋白酶k等1.2 方法采用新鲜的肌肉或肝脏1-2克,加入液氮和800μl左右的ste缓冲液研磨匀浆充分。
分别装入1.5mlep管中(每管大约500μl),并加入150μl20%sds与50μl蛋白酶k,于45℃水浴过夜至液体澄清。
加入500μl水饱和酚混匀后13000rpm离心10min,吸取上清液,加氯仿500μl混匀后13000rpm离心10min,小心吸取上清液,加氯仿500μl混匀后12000rpm离心10min;小心吸取上清液,加入十分之一体积遇冷的naac(3mol/l、ph4.8)再加入2倍体积的预冷的无水乙醇(-20℃),静置1h,离心收集mtdna沉淀,空气中晾干后,溶于适量te缓冲液,-20℃贮存备用。
4. 参考文献
[1]成庆泰, 王存信, 田明诚, 等. 中国东方鲀属鱼类分类研究[J]. 动物学报, 1975, 21 (4) : 359- 378.[2]王奎旗, 陈 梅, 高天翔. 东方鲀属鱼类的分类与区系分布研究[J]. 青岛海洋大学学报, 2001, 31 (6) : 855- 860. [3]邵爱华, 杜 建, 陈 葵, 等. 暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因克隆、测序与在分子系统发育分析中的应用[J]. 江苏农业科学, 2009, (2): 15-19. [4]郭新红, 刘少军, 刘 巧, 等. 鱼类线粒体研究新进展[J]. 遗传学报, 2004, 31 (9): 983- 1000.[5]Guo X, He S, Zhang Y. Phylogeny and biogeography of Chinese sisorid catfishes re-examined using mitochondrial cytochrome b and 16S rRNA gene sequences[J]. Mol Phylogenet Evol, 2005, 35 (2): 344-362.[6]Song L S, Li H L, Cui Z X, et alPopulation genetic structure and genetic differentiation of the puffer fish Takifugu rubripes and Takifugu pseudommus revealed by RAPD analysis [J]. High Technology Letters, 2003, 9 (1): 22-25.[7]张俊丽, 高天翔, 韩志强, 等. 3种白鲑线粒体细胞色素b和16S rRNA基因片段序列分析[J]. 中国水产科学, 2007, 14 (1): 8-14.[8]周巍, 杨焕明, 刘国仰. 河鲀鱼与人类基因组计划[J]. 遗传, 1997, 19 (6): 37-40.[9]时伟. 应用线粒体全序列研究鲽形目鱼类的分子系统关系及演化[D]. 2011,中国海洋大学.[10]申欣, 田美, 孟学平, 等. 鲆鲽类线粒体基因排列、特征比较及系统发生分析[J]. 水产科学, 2013, 10: 590-596.[11] Akira K, Hiroyuk i D, Tsutomu N, et al Takifugu obscurus is a euryhaline fugu species very close to Takifugu rubripes and suitable for studying osmoregulation [J]. BMC Physiology, 2005, 5: 1-11.[12] Holcroft N I. Amolecular analysis of the interrelationships of tetraodontiform fishes ( Acanthomorpha: Tetraodontiformes ) [J]. Mol Phylogenet Evol, 2005, 34 (3): 525-544.
5. 计划与进度安排
2022年11月18日---2022年1月16日:确定论文选题,与指导教师见面,查阅相关文献。
2022年2月25日---2022年3月2日:接受任务书。
2022年3月9日---2022年3月25日:综合相关文献资料,撰写开题报告,设计实验方案并进行预试验。
