1. 研究目的与意义
前列腺癌(prostate cancer, pca)是中老年易发的恶性肿瘤之一。目前，就全世界而言，前列腺癌多发于欧美国家，发病率较高，仅次于肺癌。据调查，年龄超过65岁以上，发病率可达到79%。近年来，随着中国的发展，人民生活条件和结构的改善，以及生活环境的改变，使得中国的前列腺癌发病率呈上升趋势，而且增长的速度也是相当的快。据统计，前列腺癌已成为我国当今男性泌尿系统中发病率最高的肿瘤。
前列腺癌与其他恶性肿瘤一样，具有难治疗，难控制，易转移扩散，存活率较低等特点。前列腺癌在男性恶性肿瘤中死亡率排第九。前列腺癌多发于中老年人群，癌变较慢，一旦查出患癌，即为晚期，严重影响中老年人群的生活质量。另一方面，前列腺癌易转移，与多种内分泌因子有关，术后易复发，病情难控制，这给临床治疗带来了很大的难题。
在本课题的研究中，我们将以前列腺癌microrna表达谱数据为研究对象，比较癌症样本和正常样本间microrna表达的差异，并从microrna调控的靶基因和通路两个水平上寻找前列腺癌相关的分子特征标记。通过本课题，力争发现新颖的前列腺癌相关的分子信号通路，这些通路若经过进一步的实验验证，将为了解前列腺癌症发展的分子机制提供重要的信息。
2. 研究内容和预期目标
主要研究内容是对国内外前列腺癌疾病标记的研究进展进行详细讨论，研究主体包括以下部分：1、基因表达芯片数据的收集以及预处理；2、不同统计方法寻找差异microRNA的效果比较；3、择优采用统计算法选出前列腺癌中的差异表达microRNA；4、microRNA调控靶基因的寻找及其功能模块及通路水平的分析；5、前列腺癌相关通路的文献检索和机制讨论分析。
选择研究疾病数据的对象，熟悉Gene Expression Omnibus、Array Express等重要的基因表达数据库，下载一些学习数据进行基因表达分析的练习。根据老师给出的学习资料，自学R编程语言，学会简单的算法和程序。找出差异表达的基因，发现癌症的相关信号通路，明确癌症的发病机制。
3. 研究的方法与步骤
1. 检索各大基因表达谱数据库如arrayexpress（http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/）和gene expression omnibus(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)，收集前列腺癌microrna表达芯片的数据。
2. 整理芯片信息，选取前列腺癌样本和正常样本进行对照的芯片信息，进行下一步分析。
3. 采用多种差异基因表达分析软件，包括most，ort，copa，os等，分别针对芯片数据寻找出在癌症样本中差异表达的microrna。
4. 参考文献
[1] xu, l., d. geman, and r.l. winslow, large-scale integration of cancer microarray data identifies a robust common cancer signature. bmc bioinformatics, 2007. 8: p. 275.
[2] cahan, p., et al., meta-analysis of microarray results: challenges, opportunities, and recommendations for standardization. gene, 2007. 401(1-2): p. 12-8.
[3] rhodes, d.r., et al., large-scale meta-analysis of cancer microarray data identifies common transcriptional profiles of neoplastic transformation and progression. proc natl acad sci u s a, 2004. 101(25): p. 9309-14.
5. 计划与进度安排
1、2022-03-1～2022-03-09 接受任务，按照指导教师要求查阅资料，撰写开题报告
2、2022-03-10～2022-03-23 进行数据收集，熟悉相关程序软件，数据的的预处理等。
3、2022-03-24～2022-04-06 不同统计方法寻找差异microrna的效果比较；择优采用统计算法选出前列腺癌中差异表达microrna；
