虚拟筛选制备人参皂苷糖基转移酶的研究开题报告

 2022-03-26 17:49:37

1. 研究目的与意义

人参(Ginseng)等传统中药材因其具有良好的药理活性且来源广泛一直倍受人们的关注, 而人参皂苷(Ginsenoside)是其主要活性成分,其作用具有抗癌,消炎,抗病毒等很多免疫学功能,具有很高的提取价值。人参皂苷一般的制备方法是取法,例如水提取法,有机溶剂提取法,渗漉法,蒸馏法,超声浸渍法。因此,将中草药中含量高、活性低、吸收率较差的成分,在体外转化成活性高、易吸收的成分,对药品、保健食品、化妆品等行业意义巨大。

为了得到高活性、易吸收的中药成分,就需要寻找一种具有高活性,高效率的糖基转移酶。由于人参糖基转移酶与糖基供体的造价昂贵,所以本实验将采用建模蛋白的方式,以autodock软件虚拟模拟分子对接实验。从分子层面探究人参皂苷酶I型(Ginsenosidase type-I)的分子对接方式与人参皂苷上主要连接糖基:吡喃葡萄糖基(glucopyransyl)、吡喃鼠李糖基(hamnopyranosyl)、吡喃木糖基(xylopyranosy1) 、吡喃阿拉伯糖基(arabinopyranosyl) 、呋喃阿拉伯糖基(arabinofuranosyl)等。针对上述糖基,探索可以催化人参皂苷达玛烷苷元PPD生成人参皂苷的酶。实验中需要通过模拟分子对接的方式探究酶的转化可靠性,其活性位点的运用方式等,为采用该蛋白的工作者提供更有力的实验数据

2. 研究内容和预期目标

本实验拟对来源于大曲的两种曲霉菌aspergillus niger g.848、aspergillus niger g.48进行发酵处理获得的人参皂苷酶i型(ginsenosidase type-i) 参与人参皂苷转化的反应机理进行研究,使用swiss- model 在线服务器进行人参皂苷酶i型蛋白质三维结构建模,得到建模模型后通过分子对接研究人参皂苷酶i型与底物作用的催化机理。主要内容包括:在pdb数据库中确定目标蛋白,运用ncbi的blast搜索工具搜索与目标

蛋白相似的序列,在线服务器swiss-model同源建模,对这个模型进行

优化从而产生预测的结构模型,对模型进行评估,分子对

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3. 研究的方法与步骤

在蛋白质结构的预测方面,因为大多数蛋白质的功能依赖于其空间结构,所以蛋白质结构的预测对人类发现并解析未知蛋白质的各项功能方面,具有重要的研究意义。目前,大多数蛋白质结构的预测方式是基于其一级结构序

列—氨基酸序列,从而进行预测的,主要是用氨基酸的组成来表示蛋白质的序列,因此无法直观的反映蛋白质的一些其他信息。对蛋白质的三维结构进行预测方面,就目前而言,大多运用生物信息学,主要方法有3种,分别是折叠识别、同源模建和从头预测。

1 搜索目标蛋白osrpia的相似序列

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4. 参考文献

[1] 匡海学,刘树民.人参一走进中药[m].北京:北京科学技术出版社,2002: 1-3.

[2] 国家药典委员会.中华人民共和国药典: 2015年版,一部[m].北京:中国医药科技出版社,2015: 9.

b]张树臣(主编) .中国人参[m].上海: .上海科技教育出版社,1992: 1-10.

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5. 计划与进度安排

1. 2019-12-23~2020-3-7接受任务、查阅和翻译文献、撰写及完成开题报告

2. 2020-3-8~2020-3-21模板蛋白搜索,选择目标蛋白

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