鲀目10种鱼类线粒体基因序列分异研究开题报告

 2022-05-12 20:57:49

1. 研究目的与意义

背景

东方鲀属(takifugu abe)鱼类是隶属于鲀形目鱼类的一个区域性分布类群,大多生活于沿岸浅海,只有少数种类进入河流或定居湖泊中。在中国,暗纹东方鲀最为人们所熟知且在我国的养殖和食用的范围最广。该属鱼类因含有河豚毒素,且具有较高经济价值, 一直被研究者予以关注。

在几乎所有的真核生物中,线粒体基因组对于生命是不可或缺的。 脊椎动物的线粒体基因组结构紧凑,大小一般为16-17k bp,且编码基因的变化是极端保守,不同基因的进化速度也大不相同。鱼类具有同其它脊椎动物一样的基因序列且较为保守然而在非编码区则存在明显的变异。鱼类线粒体基因组 (mitochondrialdna, mtdna) 呈共价闭合环状,包括一条重链,一条轻链,是细胞核外具自主复制、转录和翻译能力的遗传因子,包括 13个蛋白质编码基因、 2个rrna基因、 22个trna编码基因和1个负责复制和转录起始的控制区(d-loop) 和1个轻链复制起始区。鱼类 mtdna具有分子较小、编码效率高、拷贝数多、同质型、进化速度快、遗传相对独立性、呈母系遗传的特点。近年来鱼类mtdna 作为一种重要的研究近缘物种系统发育关系常用的分子标记,在鱼类分子群体遗传研究中的应用主要体现在类群识别、揭示鱼类的起源和遗传 分化过程、分子生物地理学等。

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2. 研究内容和预期目标

研究内容

(1)鲀目鱼类线粒体基因组的提取和纯化;

使用苯酚-氯仿法提取暗纹东方鲀肌肉组织中的基因组dna,并使用琼脂糖凝胶电泳检测。

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3. 研究的方法与步骤

研究步骤

提取基因组dna→设计引物pcr扩增→转化→抽提质粒→酶切→测序→生物学分析。

预实验

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4. 参考文献

[1] christian elmerot, ulfur arnason, takashi gojobori, et al. the mitochondrial genome of the pufferfish, fugu rubripes, andordinal teleostean relationships[j]. gene, 2002, 295(2): 163-172.

[2] 肖武汉, 张亚平. 鱼类线粒体dna 的遗传与进化[j]. 水生生物学报, 2000, 24(4): 228-236.

[3] 刘丽, 刘楚吾, 张明辉, 等. 不同保存条件下鱼类组织基因组dna的提取效果分析[j]. 广东海洋大学学报, 2007, 27(6):19-22.

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5. 计划与进度安排

(1) 2022-2022-1学期17-20周---2022-2022-2学期第2周:接受任务书。查阅资料,确定所选基因,准备开题报告,外文论文翻译。

(2) 第3周---第4周:综合相关文献资料,撰写开题报告,完成实验前准备工作,掌握配制各实验所需药品;

(3) 第5周---第6周:学习提取并纯化鱼的基因组dna和扩增线粒体相关基因的方法。学会使用pcr仪,对pcr反应体系,循环参数进行摸索和调整等措施,学会制胶,学习制备感受态细胞,选取其中效果良好的基因进行pcr扩增。

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