真核泛素家族蛋白urm与家族其他蛋白氨基酸对结构影响研究开题报告

1. 研究目的与意义

研究背景：泛素是一种小型修饰蛋白，通常与底物蛋白结合进行降解。蛋白质翻译后修饰(ptm)以调节其功能作为一个新兴的主题。泛素化是真核生物中最广泛存在的ptms之一，参与调控许多细胞过程，通常，泛素化通常共价结合76残基蛋白泛素到目标蛋白上进行降解。而泛素和泛素样蛋白一样都是一种小的翻译后修饰剂，通过共价偶联到目标底物来调控多种细胞过程的特征是一个保守的c端diglycine和一个核心的β-紧握折叠结构基序。近年来，已鉴定出许多类泛素蛋白;然而，它们在真核生物中的作用在很大程度上是未知的。所以我们选择真核泛素家族蛋白urm与家族其他蛋白氨基酸对结构影响研究为课题。

目的：研究改变urm蛋白分子上起作用的的氨基酸来确定蛋白质在进化上功能的变化。

2. 研究内容和预期目标

主要研究内容：泛素蛋白式细胞内调节细胞周期的重要蛋白质，其中泛素蛋白家族中一类小分子蛋白urm有着重要的作用，本实验通过研究确定urm蛋白中保守性氨基酸的位置以及通过文献调研确定urm的晶体结构，进而确认该蛋白质中起重要功能的氨基酸，通过对其进行替换或者突变来分析氨基酸的变化对该蛋白质在细胞内的定位以及功能性的影响。进而确认蛋白质在结构上功能的变化。

预期目标：确认urm蛋白质中起重要功能的氨基酸，通过进行替换或者突变来分析氨基酸的变化对该蛋白质在细胞内的定位以及功能性的影响，确认蛋白质在进化上功能的变化。

3. 研究的方法与步骤

拟采用研究方法：实验法步骤：1.查阅资料，确定目的基因序列，准备开题报告，翻译外文论文。

2.选择突变位点，设计引物，初步设计合成基因序列。

3.目标基因扩增、剪切、细胞转化、细胞培养、转化子的检测以及重组子等。

4. 参考文献

1.brachmann c, kaduhr l, jüdes a, ravichandran ke, west jd, glatt s, schaffrath r.redox requirements for ubiquitin-like urmylation of ahp1, a 2-cys peroxiredoxin from yeast. redox biol.2020 feb;30:101438.

2.üdes a, ebert f, br c, thüring kl, harrer a, klassen r, helm m, stark mj, schaffrath r. urmylation and trna thiolation functions of ubiquitin-like uba4·urm1 systems are conserved from yeast to man. febs lett. 2015 apr 2;589(8):904-9.

3.wang l, cai x, xing j, liu c, hendy a, chen xl.urm1-mediated ubiquitin-like modification is required for oxidative stress adaptation during infection of the rice blast fungus. front microbiol.2019 sep 10;10:2039.

5. 计划与进度安排

1-2月完成关于vash2蛋白国内外前人研究资料的收集整理，确定目的基因序列，

3月准备开题报告，完成外文翻译

4月设计实验方案，选择突变位点，设计引物，合成基因序列。同时撰写初稿