高粱NRAMP基因家族的生物信息学分析开题报告

1. 研究目的与意义

1.1 研究背景

高粱（sorghum bicolor）又称乌禾、蜀黍，是禾本科高粱属的一种一年生草本植物，起源于干旱、 炎热、贫瘠的非洲大陆，是全球第五大粮食作物，也是我国重要的杂粮作物其为c4作物，光合效率高，具有较高的生物学产量和经济产量。

2. 研究内容和预期目标

本研究是通过对高粱NRAMP基因家族的基因进行收集，并采用生物信息学的方法分析对SbNRAMP基因家族成员进行蛋白质基本特性分析、进化树构建、染色体定位、基因结构分析以及物种间和物种的共线性分析、顺式作用元件和各组织表达谱图的绘制等。其中通过基因结构和基序组成的分析,可为基因家族的进化关系提供重要的依据。然而启动子分析有助于阐明基因表达的调控和响应的机制。通过对启动子区域的顺式作用元件分析,可以得到植物关于响应特定生物胁迫或非生物胁迫的重要元件。让我们更好的了解高粱NRAMP基因家族在重金属胁迫中所具有的功能。

3. 研究的方法与步骤

1.数据的下载

（1）从pfam蛋白质家族和结构域的数据库中下载nramp蛋白家族的hmm.文件

（2）从ensembleplants数据库中下载高粱的蛋白序列、基因注释文件、cds及基因序列

4. 参考文献

[1] khoddami a, messina v, vadabalija venkata k, et al. sorghum in foods: functionality and potential in innovative products[j]. critical reviews in food science and nutrition, 2021: 1-17.

[2] rajabi dehnavi a, zahedi m, ludwiczak a, et al. effect of salinity on seed germination and seedling development of sorghum (sorghum bicolor (l.) moench) genotypes[j]. agronomy, 2020, 10(6): 859.

5. 计划与进度安排

1、第17周（22-23-1学期）-第3周（2024年12月19日--2024年3月12日）：根据和导师讨论确定的论文题目，大量阅读文献，其中选择10篇以上参考文献（外文1-2篇或以上）进行深入阅读，参照任务书写出开题报告。选择一篇外文（5000字以上，文献内容要结合本研究内容）进行全文翻译；
2、第4周（2024年3月13日--2024年3月19日）：在充分调研文献的基础上，制定实验具体实施计划，进行试验研究的前期准备工作；
3、第5周-第10周（2024年3月20日--2024年4月30日）：根据任务内容实施试验，包括对高粱中的NRAMP基因家族进行全基因组鉴定；对高粱中的NRAMP基因家族的序列特征进行生物信息学分析；对高粱中的NRAMP基因家族与其他作物中的NRAMP基因家族进行进化树分析；对高粱中的NRAMP基因家族的表达模式进行分析等；
4、第11-14周（2024年5月1日--2024年5月28日）：论文的撰写以及答辩阶段。在完成论文全部试验后，对试验数据进行分析，归纳整理以及分析讨论，撰写论文（字数15000字以上）。毕业论文撰写格式和打印要求按照学院统一标准，最后进行毕业论文答辩。