马尾松球果不同时期发育相关差异表达基因分析开题报告

 2021-08-08 12:08

1. 研究目的与意义

利用已有不同时期马尾松球果RNA-seq结果,找到差异表达基因(DEGs),通过GO和KEGG数据库注释信息将差异表达基因归类,挖掘与生长发育有关基因并进行表达水平验证。

马尾松遍布华中、华南各地,一般分布在海拔800 ~ 900 m以下。

球果和种子是裸子植物的繁殖器官, 对球果不同发育时期的转录组进行测序,比较其不同发育时期基因表达的差异,及控制球果发育的关键因子,为今后研究马尾松的胚胎发育相关过程的控制基因及控制蛋白提供实验依据,为马尾松的优良无性系的快繁、种质资源的保存及遗传改良奠定理论基础。

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2. 国内外研究现状分析

第二代测序技术兴起后,转录组学研究开始应用在泡桐、桉树、赤松、火炬松、美国黑松、马尾松等树种上。

随着测序技术的成熟,转录组学研究也向着更深层次、更多领域渗透,林木方面相关报道层出不穷。

研究杨树茎段中重力反应相关的基因,阿拉伯半乳聚糖与一些转录因子参与细胞壁生物合成。

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3. 研究的基本内容与计划

阅读相关文献,了解马尾松生物学特性及球果发育的状况,转录组研究的现状,和NCBI、GO、KEGG等数据库的作用,及转录组分析的方法等。

及利用转录组开展马尾松球果不同时期发育相关差异表达基因的意义。

方案拟定:获取不同时期样品马尾松球果RNA-seq结果;找出差异表达基因(DEGs);对差异表达基因进行GO和KEGG注释;找到与生长发育相关差异基因;差异表达基因表达水平验证。

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4. 研究创新点

在转录组水平上研究不同发育时期马尾松球果,通过寻找差异表达基因及GO、KEGG富集分析,了解球果发育不同阶段基因表达特征。

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