柳杉形成层不同发育时期转录组测序及分析开题报告

全文总字数：802字

1. 研究目的与意义

1. 转录组测序技术是指用高量测序技术把rna序列测出来。

测序结果的分析有助于直接反映柳杉形成层表达水平。

2. 基因表达中，上调基因指在转录成mrna时受到正向调控，促进其表达；下调基因是受到抑制，表达量减少。

2. 国内外研究现状分析

林木全基因组测序费用高昂，很多时候无法短时间内获取研究树种的全基因组，转录组测序（rna-seq）研究成为一个快速高效的途径。

转录组测序已广泛用于新转录本获取、可变剪接研究、数字基因表达谱、基因组结构变异等方面。

林萍采用高通量测序技术solexa技术对普通油茶长林4号无性系种子发育的4个时期转录组进行测序，分析了基因表达的数量及调控模式，分析基因表达调控元件的变化规律，揭示不同发育期基因表达差异等。

3. 研究的基本内容与计划

1）对不同生长阶段的柳杉形成层转录组测序结果进行组装，功能注释，差异基因水平分析及SSR,SNP分析。

2）运用RT-PCR技术验证转录组测序分析结果中上调下调基因，预测木材形成相关基因 3）时间安排： 2月:文献综述，设计实验方案； 3月:运用生物信息学分析测序结果； 4月:RT-PCR检验测序结果； 5月:分析数据结果； 6月:论文答辩。

4. 研究创新点

国内目前还没有柳杉转录组相关研究。

本实验以柳杉形成层为实验材料，构建CDNA文库进行转录组分析。