1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
课题意义：
在哺乳动物体系里，m6a是生物大分子mrna内部已知所有碱基修饰中丰度最高的，它主要集中在 mrna 近终止密码子和3端非翻译区。最近几年对mrna的m6a 修饰的生物学功能探索已成为rna领域的前沿热点，m6a修饰已被证明可调控 mrna 加工，运输，降解及翻译等基础 rna 代谢功能 [1]。然而现阶段对m6a 修饰的研究主要用rip的方法，只能定位到含有m6a 修饰的200bp左右的区段，解析度很低。本课题采用eclip技术，能够在单碱基水平鉴定m6a 修饰位点，能为今后探究m6a修饰的功能及将来用生物信息手段分析其如何参与调控植物生长发育与逆境响应过程打下基础。
2. 研究的基本内容和问题
1、研究目标：通过高通量测序数据分析，精确定位m6a修饰位点，并进行功能研究。
2、研究内容：
1.1、以哥伦比亚型拟南芥为材料，通过eclip技术，对rna-蛋白质复合物进行纯化测序，获得高通量测序数据
3. 研究的方法与方案
1、研究方法
1.1以哥伦比亚型拟南芥为材料,使用eCLIP技术，对RNA-蛋白质复合物进行分离纯化，双端测序得到两份高通量测序数据，再将高通量数据产生的短reads数据映射到水稻参考基因组上，用iCount处理eCLIP产生的高通量数据,进行m6A鉴定及后续功能分析。
2、技术路线
拟南芥eCLIP实验
双端测序
序列映射
突变及峰分析
m6A聚类分析
m6A残基注释
m6A功能分析
3、实验方案
1.1使用eCLIP技术，对RNA-蛋白质复合物进行分离纯化，以单个碱基的分辨率得到RNA-蛋白质互作的位点，并进行双端测序。
1.2 用Fastqc进行高通量数据质量分析。
1.3将高通量数据产生的短reads数据映射到水稻参考基因组上。
1.4 用iCount处理eCLIP产生的高通量数据。
1.5 对其功能域与功能进行进一步分析
4、可行性分析：
实验室具有拟南芥和水稻的研究经验，本课题的开展有较丰富的理论实践基础；实验所需仪器设备均已具备；导师长期从事生物信息学分析，在Plant Cell和Genome Research等国际著名期刊发表论文多篇；国内外合作密切，合作者科研水平高，故能较顺利完成探究计划。
4. 研究创新点
本实验突破了传统的RIP方法只能定位到m6A所在约100-300 bp长度的片段、解析度低的问题，使用了eCLIP技术，在单碱基水平上识别鉴定m6A修饰位点，从而进一步分析其功能域及其功能，为将来通过生物信息分析植物生理生活过程打下基础。
5. 研究计划与进展
2019.1-2019.2 编写m6a分析相关的程序及建立分析流程
2019.3-2019.4数据分析
2019.4-2019.5 整理数据，撰写文章及论文
