基于基因组信息的灵芝转录因子筛选及其生物信息学分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1. 课题意义灵芝（ganoderma lucidum）是一种具有药用价值的大型担子菌[1]，灵芝自古以来便在东亚各国起到了药用的作用。

灵芝中的主要活性物质是灵芝酸以及灵芝多糖，其具有抗氧化、抗病毒、抗肿瘤、降血压和镇痛等活性[2-3]。

随着灵芝基因组测序工作的完成以及灵芝转基因过表达技术和基因沉默技术的成功应用，利用分子遗传学实验和生理生化实验共同研究灵芝基础生物学问题成为主要趋势[4-6]。

2. 研究的基本内容和问题

1. 研究目标

通过生物信息学研究手段对灵芝中的转录因子进行初筛，并根据结构域等特征对其功能进行分类与分析。

2. 研究内容

3. 研究的方法与方案

实验方法：

灵芝转录因子同源转录因子的筛选

先通过在ncbi数据库中获取的酿酒酵母、枯草芽孢杆菌转录因子的序列，将获得的序列检索灵芝基因组数据库（http://www.herbalgenomics.org/galu）进行blast和结构域同源比对（smart、pfam），获取灵芝中可能存在的转录因子。

4. 研究创新点

特色及创新

本实验研究的是基于全基因组的对于灵芝转录因子的生物信息学筛选，这在灵芝这一独特物种中属于较为具有开创性的工作

5. 研究计划与进展

研究计划：

2020.02.20-2020.03.10