参与拟南芥DNA去甲基化基因RLL10的初步定位开题报告

 2022-02-08 20:10:00

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

研究意义、应用前景dna甲基化是一种较稳定的表观遗传修饰,已有的研究表明,dna甲基化修饰对植物的生长、发育和抗逆性等都有至关重要的作用。

目前对 dna 甲基化发生过程的研究已经比较深入,但是对于dna 去甲基化机理的研究仍较浅显。

尽管当前已经发现了一些负责 dna 去甲基化作用的关键酶,但是 dna 去甲基化是一个复杂的过程,可能有多个蛋白因子参与,涉及目标位点的特异性选择、去甲基化酶与目标位点的正确结合、5-mec的切除过程和dna的修复过程等。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标、拟解决的关键问题迄今为止,rddm通路的作用机制还有待进一步完善,如dna甲基化的建立,是如何起始的,以及rddm效应复合体是如何招募drm2到待甲基化位点上的。

此外,更为重要的是,dna去甲基化方面还有很多待解决的问题,如dna去甲基化酶是如何特异性地被招募,参与dna去甲基化过程中的碱基切除修复途径的作用因子有哪些,dna去甲基化过程是如何起始的。

当用rd29a-luc系统进行遗传筛选时,不仅筛选到了与逆境胁迫信号转导有关的突变体,也筛选到了与dna去甲基化有关的突变体,即ros1,然而目前对ros1的作用机理并不十分清楚,包括ros1与哪些蛋白因子在一起工作?ros1的多级调控是怎样进行的?本实验的主要目的是继续进行新的蛋白因子筛选,以发现更多的新蛋白,完善ros1参与的dna去甲基化过程。

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3. 研究的方法与方案

研究方法、实验方案1.诱变Col-LUC高荧光的亲本体系a. 种子过夜泡涨,加入适量EMS诱变剂,摇8-9h,清洗2-3hb. 配制MS培养基,点种诱变的种子M12.筛选候选突变株a. 收获M1的种子M2,单粒播种后,分别挑选两个筛选体系的目标候选株,收获M3,并确认M3的荧光表型b. CTAB法提取DNA,设计CAPS或dCAPS 引物做PCR鉴定rdr6突变位点、ros1-7突变位点3.图位克隆a. 杂交,初步判断突变类型,排除已知突变体,创建克隆群体b. CTAB法提取克隆群体DNA,利用拟南芥简单序列长度多态性(Simple Sequence Length Polymorphisms, SSLP)分子标记设计引物进行初步定位c. 设计CAPS或dCAPS引物或其他引物进行精细定位d. 根据精细定位的结果筛选候选基因,设计引物测序确定突变基因和突变位点。

可行性分析利用Col-LUC系统已经筛选到了包括ROS1, IDM1, IDM2, SUF4在内的参与DNA去甲基化的蛋白因子, 充分说明此系统完全可以用来研究DNA去甲基化。

4. 研究创新点

通过COL-LUC遗传筛选体系筛选出一个参与DNA去甲基化途径的新基因,后续工作将对此基因进行功能的研究,研究此基因是否与ROS1在同一途径进行DNA去甲基化,进一步丰富并且完善植物DNA去甲基化的分子机制。

5. 研究计划与进展

研究计划2017.09-2017.10:学习本科相关的课程,认真阅读实验相关文献,掌握实验的一些基本技能,准备高荧光的col-luc的亲本,准备诱变。

2017.10-2017.12:种植m1,收获m2。

种植m2并获得荧光低的候选突变体,并与rdr6、idm1-4、ros1-7、96p进行杂交。

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