1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
1. 课题的意义通过生物信息学的方法从油菜基因组中筛选出rna解旋酶相关基因,以便系统的分析rna解旋酶在油菜镉胁迫中所起到的作用。
2. 国内外研究进展镉(cd)作为重金属元素,对植物体具有毒害作用,其常以化合物形式存在[1]。
而据报告,2003年之前50年中约有22000t镉排放到土壤中,这使各地土壤出现不同程度的镉污染,这已经是植物生态安全和植物可持续发展重要阻碍因素[2]。
2. 研究的基本内容和问题
1. 研究目标和内容通过生物信息学的方法利用解旋酶基因中两个保守的结构域从油菜基因组中筛选出rna解旋酶相关基因。
并且对筛选到的基因进行鉴定。
而后,以拟南芥rna解旋酶基因作为参照,对rna解旋酶基因进行分类,并且构建dead家族的rna解旋酶基因的进化树。
3. 研究的方法与方案
研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析1. 研究方法(1) 利用两个保守结构域的hmm模型筛选rna解旋酶基因。
(2) 利用blast,smart的方法对筛选出来的rna解旋行验证。
(3) 利用motif ii的d-e-a-d保守氨基酸序列对筛选到的基因进行分类。
4. 研究创新点
特色或创新之处以往对基因功能的探究往往都是通过正向遗传学的方法通过筛查突变体对基因功能进行验证,然而这种方法耗时长,需要很长时间培育植物。
然而对于某些关键基因和多拷贝的基因难以筛选到基因失活的突变体,这大大增加了遗传工作的复杂程度。
而在本实验中,中系统的在油菜基因组中筛选出rna解旋酶基因,并且以拟南芥作为对照构建rna解旋酶基因的进化树。
5. 研究计划与进展
研究计划:2017年12-3月撰写文献综述并且完成研究计划2018年3月完成对rna解旋酶基因的筛选,rna解旋酶基因的分类,以及dead家族rna解旋酶基因的进化树构建。
2018年4月进行生理和分子实验对筛选到的基因进行分析。
2018年5月撰写毕业论文并进行答辩。
