1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
1本课题研究意义 苹果上携带的重要病原真菌种类很多。
2012以来全国共进口苹果货物达800多批次，截获检疫性有害生物7批次，非检疫性有害生物928种次。
其中，从意大利苹果树苗中截获葡萄茎枯病菌（phoma glomerata）、从美国和智利进口苹果中截获苹果牛眼果腐病（neofabraea perennans）、从中国香港入境苹果中截获的苹果黑星病菌、从美国、智利、新西兰、法国和日本进口的鲜苹果中截获过苹果牛眼果腐病（neofabraea malicorticis）、从美国截获苹果球壳孢腐烂病菌、从美国、智利和中国香港截获苹果果腐病菌等检疫性有害生物。
2. 研究的基本内容和问题
1研究目标本课题旨在利用新一代高通量测序技术平台，结合dna条码检测技术及生物信息学分析手段，从分子水平上实现对苹果多目标病原菌进行快速、高效、全面的检测。
2研究内容2.1苹果病原菌有害生物风险分析（pra） 针对不同地理来源的货物鲜苹果和苹果苗，开展pra，数据来源包括cabi作物保护大全（cpc）、国家进境植物有害生物检疫信息系统、口岸疫情截获信息、双边议定书及相关的文献资料，确定能通过苹果贸易和旅客携带而传播的病原菌种类，以及需关注的检疫性有害生物，明确针对进境的苹果应重点关注的病原真菌种类。
2.2菌株、试验材料及文献的收集收集不同产地的苹果试验材料、参试菌株及其dna样品、检疫鉴定方法等文献资料。
3. 研究的方法与方案
研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析1实验方案以illumina miseq高通量测序平台为检测基础，本课题采用的研究、试验方法及总体技术路线如下：（1）进境苹果携带病原菌有害生物风险分析（pra）（2）苹果携带重要病原菌菌株、试验材料及文献的收集（3）苹果病原菌dna信息数据库的构建及扩增引物的设计（4）高通量测序文库构建、测序及数据分析（5）高通量测序筛查技术平台（6）传统的pcr检测鉴定技术验证（7）进境苹果重要病原真菌高通量测序筛查及集成检测技术研究2具体研究方法和技术路线2.1利用生物信息学手段，构建苹果病原菌dna信息数据库目前基于病原微生物rrna与its 的数据有：rdp、silva和ncbi等，这些数据为物种的鉴别提供了很好的参考依据。
利用生物信息学技术和这些数据，构建苹果病原菌dna信息基础数据库。
并通过使用多重引物对its基因、线粒体基因、β-微管蛋白基因、钙调蛋白基因、肌动蛋白基因和rna聚合酶ii亚基基因 (rpb2)等多个可变区进行扩增、测序，不断补充和更新数据库。
4. 研究创新点
特色或创新之处本课题以构建苹果病原菌DNA信息数据库为基础，采用生物信息学技术手段，将高通量测序技术与DNA条码检测技术相结合，辅以传统的PCR检测鉴定技术进行验证，形成对苹果重要病原菌快速、准确、高通量检测的集成分子检测技术体系，从而在分子水平上实现对苹果多种病原菌同时检测和分类鉴定的目标。
5. 研究计划与进展
1研究计划2016.102016.11查阅资料，整理实验思路2016.122016.2开展苹果病原菌有害生物风险分析（PRA）；收集项目需要的苹果病原真菌及其近似种菌种等试验材料；构建苹果病原真菌DNA信息数据库；通用PCR引物筛选及特异性DNA片段扩增引物设计2017.32017.5 完善苹果病原真菌DNA信息数据库；开展苹果多种病原菌高通量测序文库构建、上机测序和数据分析，并通过苹果样品对高通量测序技术平台进行测试与验证2017.6 整理实验数据，撰写毕业论文2预期进展2.1构建并完善苹果病原真菌DNA信息数据库2.2完成通用PCR引物筛选及特异性DNA片段扩增引物设计2.3完成苹果多种病原菌高通量测序文库构建、上机测序和数据分析
