1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
1 本课题研究意义1．1开发土荆芥微卫星引物目前国内外对于土荆芥微卫星引物的开发研究未见报道，而ssr标记在基因组中具有最高的位点杂合度；并且具有多态性高，共显性遗传，重复性好等特点，是土荆芥遗传多样性、指纹图谱、比较图谱等研究的有效标记。
引物的数量制约着ssr标记在土荆芥中应用，因而开发土荆芥微卫星引物显得迫切而重要。
1．2利用ssr荧光标记对多地土荆芥资源进行遗传多样性分析和群体遗传学分析目前对土荆芥资源的遗传变异情况了解不多，并且国内外关于土荆芥遗传多样性的研究未见报道，因此急需了解土荆芥资源的遗传多样性及遗传结构的组成。
2. 研究的基本内容和问题
研究的目标、内容和拟解决的关键问题1研究目标１.1开发土荆芥微卫星引物１.2利用SSR荧光标记对多地土荆芥资源进行遗传多样性分析和群体遗传学分析2 研究内容2.1土荆芥SSR序列的查找2.2土荆芥SSR引物的设计2.3土荆芥基因组总DNA的提取2.4 SSR-PCR2.5 SSR-PCR 产物检测（是否改为引物筛选会更好）2.5.1琼脂糖凝胶电泳检测2.5.2聚丙烯酰胺凝胶电泳检测2.6荧光毛细管电泳测序2.7数据分析3 拟解决的关键问题3.1 SSR序列的筛选3.2 SSR引物的设计3.3 SSR-PCR产物的检测3.4荧光毛细管电泳的测序分析
3. 研究的方法与方案
研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析1 研究方法1.1土荆芥基因组总dna的提取对土荆芥叶片提取dna。
本研究采用植物基因组dna plant dnazol试剂盒提取。
准备材料：聚乙烯吡咯烷酮（pvp）、β-巯基乙醇、氯仿、异丙醇、乙醇（1）将100-500mg硅胶干燥的叶片置于2ml离心管中，加入少量pvp和钢珠（2）研磨机65hz研磨150s（3）每个样品中加入1000μl plant dnazol和2μl β-巯基乙醇，混匀。
4. 研究创新点
特色或创新之处首次研究开发了土荆芥微卫星引物，并且对土荆芥的遗传多样性和遗传结构等进行了分析，为土荆芥遗传分析的研究提供了新的思路和方法。
5. 研究计划与进展
研究计划及预期进展1研究计划2016年9月1.土荆芥SSR序列的查找与分析2.土荆芥SSR引物的设计2016年10月1.土荆芥基因组DNA的提取2016年11月--12月1.对土荆芥基因组DNA进行PCR扩增2.对SSR-PCR的产物进行琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析2017年2月--3月1.完成荧光毛细管电泳测序2017年4月1．对测序结果进行分析2017年5月1.完成毕业论文2预期进展1.查找出土荆芥的SSR序列2.设计完成土荆芥SSR引物3.提取出高质量的土荆芥基因组DNA4.得到良好的PCR产物5.得到良好的琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析结果6.得到良好的荧光毛细管凝胶电泳测序结果
