马尾松与黄山松EST-SSR引物设计与PCR反应体系优化开题报告

1. 研究目的与意义

目前生物库内已有大量的EST资源，EST开发的SSR标记已成为SSR引物的重要来源，EST-SSR引物有共显性好，丰富性好，重复性优良的特点。

而黄山松和马尾松是我国重要的木材树种，可以利用此项技术，研究马尾松与黄山松基因渐渗现象，从而了解两个物种在遗传分化在分子水平上的证据。

2. 国内外研究现状分析

现在国内外研究黄山松与马尾松还是很多的，主要关于他们SSR分子标记研究，可应用遗传标记技术，RFLP原理，以及通过AFLP是将PCR技术与RFLP技术相结合的一种新技术设计引物，微卫星分子标记也有重大用途，而四核苷酸微卫星序列则相对较少，总体来说，研究方法多，但有些技术力量还是比较薄弱。

3. 研究的基本内容与计划

方案拟定（1）通过生物信息公共数据库(NCBI)查找松属EST序列，搜索SSR位点，分析SSR信息；（2）设计引物；（3）引物性能检测，即对引物进行马尾松、黄山松与杂交松通用性筛选；（4）引物性能分析；（5）设计并优化PCR条件。

进度计划2014年2月及之前：阅读文献，掌握分子生物实验操作规程、熟练操作数据库检索和引物设计软件；3月：查找EST序列，搜索SSR位点，设计引物；4月：引物性能检测、分析、设计、优化PCR条件；5月：数据处理，论文撰写、修改、定稿；6月：论文答辩。

4. 研究创新点

马尾松SSR引物开发已经开展一些研究，其近缘种黄山松的SSR引物开发及其与马尾松的引物通用性研究却相对不多。

通过开展相关实验，开发适合黄山松的SSR引物，寻找马尾松与黄山松通用性引物，丰富这两个近缘种SSR引物利用资源。