基于鹅掌楸转录组测序开发的SSR分子标记多态性分析开题报告

1. 研究目的与意义

本研究基于鹅掌楸转录组测序数据开发新的SSR引物，以杂交鹅掌楸为模板进行多态性扩增，分析能够有效扩增引物和有多态性的引物，探究SSR的长度与其多态性水平之间是否有直接的线性关系，SSR基序碱基数与重复次数和多态性水平之间是否存在一定的联系。

基于鹅掌楸转录组测序数据开发新的SSR引物分子标记具有多态性丰富、稳定性强、共显性遗传、基因组覆盖性好和操作简单等优点，在遗传图谱的构建、基因定位、遗传多样性和物种进化分析、亲缘关系鉴定、DNA 指纹图谱构建、分子标记辅助选择育种等方面有着广泛的应用前景。

2. 国内外研究现状分析

近年来，随着ssr标记的广泛应用，人们对于ssr引物的开发利用越来越广泛。到目前为止，针对ssr引物多态性的分析应用于众多林木遗传的研究。

胥猛,李火根利用基于鹅掌楸est-ssr 开发的引物进行多态性分析；

黄海燕等人利用基于杜仲转录组序列的ssr 分子标记的开发与多态性分析，为杜仲遗传多样性分析、分子标记辅助育种、育种群体的建立等奠定基础；

3. 研究的基本内容与计划

研究内容：

本实验以杂交鹅掌楸为实验材料，结合高通量测序获得的海量转录组数据，分析数据，开发ssr引物。分析鹅掌楸转录组ssr位点的多态性，包括碱基构成，重复情况，分布特点等。并筛选出多态性较高的ssr引物，简要阐述其在林木遗传育种后续研究中的应用。

研究计划：

4. 研究创新点

利用基于鹅掌楸转录组测序开发的SSR分子标记，探究鹅掌楸基因组SSR引物的多态性。