1. 研究目的与意义
目的：鉴于est序列的有限性及转录区ssr标记更高的保守性，从而可以展开基于转录组测序基础上的ssr引物开发，以期为鹅掌楸遗传图谱的构建、qtl定位以及分子标记辅助选择育种等众多研究提供更多的有价值的遗传标记。
意义：鹅掌楸是国家Ⅱ级重点保护野生植物，树形通直，花叶幽丽，媲美众芳，俯视众卉。
通过ssr标记的开发，可以加速鹅掌楸遗传图谱的构建以及分子标记辅助育种的研究，进而推进鹅掌楸育种工作的进程。
2. 国内外研究现状分析
简单重复序(ssr)也称微卫星dna，其串联重复的核心序列为1-6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(ca) n和(tg) n每个微卫星dna的核心序列结构相同，重复单位数目10-60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。
ssr标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过pcr反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用pcr的方法扩增出不同长度的pcr产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。
在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为微卫星dna其两端的序列高度保守，可设计双引物进行pcr扩增，揭示其多态性。
3. 研究的基本内容与计划
研究内容：利用分子生物信息手段，在鹅掌楸转录组测序的基础上进行SSR引物的开发，并对所开发的引物进行验证以及通用性研究。
研究计划： 1、2011-10-15至2012-2-20 选题、搜集整理资料、开题报告、文献综述2、2012-2-21至2012-4-1 利用分子生物信息手段，在鹅掌楸转录组测序的基础上进行SSR引物的开发，同时研究所开发引物的通用性并进行数据的验证及记录3、2012-4-2至2012-4-8对实验结果和数据进行整理，参考文献对结果进行研究4、2012-4-9至2012-4-20进行结果现象整理，完成论文，并交予指导教师修改审核5、2012-4-21至2012-5-10经指导修改完成毕业论文，并着手准备论文答辩
4. 研究创新点
ssr标记是共显性标记，是一种优秀的分子标记。
本实验是在鹅掌楸转录组测序的基础上，进行ssr标记的开发，进一步丰富现有的且数量有限的ssr标记。
为鹅掌楸的遗传作图、qtl定位以及遗传多样性分析等研究提供更多的，多态性高的ssr标记。
