基于EST序列分析预测杨树基因及蛋白开题报告

 2021-08-09 00:55:53

1. 研究目的与意义

目的:通过电子克隆获得杨树cDNA序列,预测基因类型并分析该基因理化性质和一级结构,模拟其二、三级结构。

意义:杨树是重要的造林绿化树种,也是主要的工业用材树种,同时还是高大林木的模式树种。杨树生长周期短,离体操作容易,基因组相对较小。挖掘和克隆杨树功能基因不仅是利用基因工程技术进行杨树品种改良、有效利用基因资源的基础,也对研究林木的生理及遗传特性分子机制具有重要的理论意义。

2. 国内外研究现状分析

(1)目前,基于est序列分析预测未知基因及蛋白的技术已在水稻、玉米、家猪等得到了一定应用。

(2)至2003年底,美国jgi公司宣布毛果杨基因组序列草图已经完成,并将测序结果无偿地公布在internet上,全世界的研究人员可以免费下载,公开使用。

(3)2006年,张春玲等以矮牵牛 一exp1 cdna序列为信息探针,利用杨树est数据库和毛果杨基因组测序结果,通过序列的拼接设计合成了基因特异引物,从毛白杨中扩增出一个长为1.0kb的全长cdna,可能与形成层细胞分化相关。

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3. 研究的基本内容与计划

内容:利用genbank数据库里杨树est序列,通过对这些序列的拼接或组装获得全长的cds(coding sequence),然后到核酸序列数据库和蛋白质数据库里比对以发现杨树未知基因的结构和功能,进而预测相应的蛋白质的功能和空间结构。

计划:1.利用其他物种已知序列在杨树est数据库中进行同源检索,将得到的高度相似的est序列进行拼接,得到全长的cds。

2.根据电子克隆结果,用orf预测杨树基因的开放阅读框,从而推导其氨基酸序列。

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4. 研究创新点

电子克隆是近年来伴随基因组计划和EST计划发展起来的基因克隆新方法,其主要原理是利用生物信息学技术,借助电子计算机的巨大运算能力,通过EST或基因组的序列组装和拼接,再利用RT-PCR快速获得功能基因,具有投入低、速度快、针对性强等优点。

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