芝麻受青枯雷尔氏菌诱导表达谱分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

芝麻是最古老的油料作物之一，因含油量高而有油料作物皇后的美誉。

芝麻青枯病又称芝麻瘟，严重影响芝麻产量。

了解芝麻在青枯雷尔氏菌诱导下的转录组变化，可以发现和挖掘与芝麻青枯病抗性相关的基因以及主要生物学通路变化,对利用基因工程技术对芝麻进行遗传改良具有重要意义。

2. 研究的基本内容和问题

目的是找出青枯雷尔氏菌诱导芝麻后的差异表达基因以及相应的生物学通路变化。

内容是对芝麻在青枯雷尔氏菌诱导下前期中期以及对照进行转录组测序，然后使用生物信息学方法对转录组数据进行比较分析。

3. 研究的方法与方案

实验设计分为3组，未受青枯雷尔氏菌诱导的芝麻，受诱导后前期的芝麻，受诱导后中期的芝麻，取其茎提RNA，做转录组测序。对各组RNA-seq数据进行质控，将测序读段通过序列映射定位到芝麻基因组上，进行基因表达水平评估等RNA-seq数据处理基本流程。然后分析比较各组之间RNA-seq数据，进行基因差异表达分析。最后对差异表达基因进行基因注释和GO富集和KEGG分析。

4. 研究创新点

采用了新一代测序方法，RNA-seq，并且青枯雷尔氏菌诱导芝麻转录组数据目前还未见报道，这是一个创新性的突破。

5. 研究计划与进展

先种植芝麻并用青枯雷尔氏菌诱导并进行转录组测序，得到测序数据后进行后续分析。