拟南芥乙烯信号转导与应答通路中基因甲基化的生物信息学研究开题报告

 2022-02-07 17:09:43

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

植物激素乙烯在植物生长发育和应对生物和非生物胁迫过程中起着重要作用(abeles et al.,1992)。

乙烯调控种子萌发、种苗生长、叶片和花的脱落、器官衰老、果实成熟、单性花的性别决定。

对拟南芥乙烯突变体的遗传和分子分析,已经建立了从乙烯信号感知到转录调控的线性信号转导模型(li et al.,2007)。

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2. 研究的基本内容和问题

1研究目标找出不同种群拟南芥乙烯信号途径涉及基因甲基化位点差异,探讨甲基化修饰在拟南芥乙烯信号途径中作用。

2研究内容2.1从已发表的文献中找出拟南芥乙烯信号转导途径涉及基因,尤其是乙烯途径特有基因;2.2下载上述基因的启动子序列和基因序列;2.3分析30个种群拟南芥上述序列位点甲基化情况;2.4统计不同种群上述基因序列甲基化位点的差异;2.5综合分析甲基化修饰与乙烯型号途径的关系。

3拟解决的关键问题3.1寻找拟南芥乙烯信号转导途径涉及基因;3.2统计不同种群拟南芥乙烯信号转导途径涉及基因序列甲基化位点的差异。

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3. 研究的方法与方案

1研究方法1.1通过阅读文献和筛选拟南芥基因微阵列数据库寻找乙烯信号转导途径涉及基因;1.2通过NCBI、TAIR以及PPDB数据库下载基因序列和启动子序列;1.3用Bismarck软件,通过比对拟南芥全基因组BS-seq数据,获得30个种群拟南芥上述序列位点甲基化情况;2可行性分析本研究依托生命科学学院杂草研究实验室,具备甲基化比对所需软件和服务器硬件,原始数据来源于网络开放数据库,因此可行。

4. 研究创新点

创新之处:1综合运用多种数据库进行生物信息学分析;2将拟南芥乙烯信号通路与基因甲基化修饰联系分析;3比较拟南芥不同种群间的相同基因的甲基化修饰差异。

5. 研究计划与进展

研究计划及预期进展:2014.12-2015.1 查阅拟南芥乙烯信号途径已发表文献2015.2 搜索并下载拟南芥乙烯信号途径涉及基因序列和启动子序列2015.3 通过Bismarck软件比对获得30个种群拟南芥上述序列位点甲基化情况2015.4 统计并综合分析

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