1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
镉（cadmium,cd）是毒性最强的重金属之一，在土壤中具有较强的化学活性，易被植物所吸收。
rna-seq技术是一种新的高通量测序技术，较之其他测序技术对转录组定量定位分析，可鉴定出更多的新基因和新长非编码rna，且预测效率高。
通过rnaseq技术对镉处理玉米和水稻进行定量定位分析，检测基因的表达量，从而了解水稻玉米对镉胁迫的生理响应，为选育抗镉的品种创造条件。
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2. 研究的基本内容和问题
目标：镉处理玉米和水稻内容：对镉处理过的玉米和水稻根叶进行RNAseq分析以及lncRNA_finder分析拟解决的关键问题：得到显著的差异性表达分析并预测
3. 研究的方法与方案
①将rna-seq数据通过tophat软件定位到参考基因组，再用cufflinks软件将片段组成转录子，之后用cuffmerge将获得的转录子合并在一起，用cuffdiff 进行显著性表达分析。
②基于rna-seq分析所得数据，鉴定分析lncrna③将水稻的根叶分开处理，设置c、cd、cdtm、ck、tcd、tm六组数据根据①②步骤依次进行，得到结果。
④将玉米的根叶分开处理，设置cd1、ck0、ck1三大组数据根据①②步骤依次进行，得到结果。
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4. 研究创新点
RNA-seq分析是一种新的高通量测序技术, 利用生物信息学软件，可鉴定出更多的新基因和新长非编码RNA，且预测效率高。
通过编写修改shell程序语言来删选基因好，获得最佳结果，节约时间和成本。
5. 研究计划与进展
①涉及的软件的安装以及调配 ②镉处理过的水稻及玉米以及对照组RNA-seq数据准备 ③编写运行程序语言并进行调试修改 ④通过所得结果选择最佳程序语言 ⑤对最佳实验结果进行显著性分析 ⑥基于RNA-Seq数据，修改lncRNA_finder 程序语言删选基因获得自己所需
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