microRNA靶基因预测研究开题报告

 2021-08-09 01:02:58

1. 研究目的与意义

在中心法则被提出来之后,整个生物界都将研究聚焦于蛋白质编码基因与蛋白质的结构和功能之上,而同样在中心法则中出现的rna却长期被误认为是一个次要的中间角色。

事实上,人类基因组测序结果显示蛋白质编码区域仅占整个人类基因组的2%,而在其他区域,却相继发现了多种非编码rna。

另外,从原核动物直至真核动物的进化树上,随着物种复杂程度的增加,非蛋白质编码区域在对应物种的基因组中所占的比例也相应增加。

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2. 国内外研究现状分析

1 microrna的形成及调控机理 随着研究的不断深入,研究者对于microrna基因的宏观转录机制及其作用机理已经有了一定程度的了解。

概括来说,成熟的microrna是一类需要经过三步表达的时空特异性小分子rna。

首先在细胞核内对应的dna序列转录成pri-microrna,然后pri-microrna再经由rnase iii内切酶drosha剪切成长约60~70nt的pre-microrna(具有较固定的茎环二级结构),再随后pre-microrna被exp5运送出核,最后在细胞质中由rnase iii内切酶dicer将pre-microrna剪切成一个近似互补的rna双体(rna duplex),该rna双体的一条链便是成熟的microrna。

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3. 研究的基本内容与计划

研究内容:以客观地评价各个microrna靶标基因预测软件的性能以及进一步研究靶标基因的特征为目的,进行了以下工作:microrna靶标基因预测软件的评估。

首先选取了目前最全、最可靠的microrna靶标基因数据库中三组数据集。

在综合考虑了目前流行的microrna预测软件所使用的方法,特征及数据结果是否容易获取等问题的基础上选择了5个预测软件作为待评估的对象。

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4. 研究创新点

为了准确地评估microRNA靶标预测软件的性能,选取了多个国际知名的预测软件,构建了基于数据库的统一测试数据集,采用参数对预测软件进行了测评。

基于已有的研究结果,还可在以下两个方面进行较深入的研究:(1)在分析各个预测软件的基础上,可以通过整合特征的方式设计出新的microRNA靶标预测软件;(2)对microRNA靶标基因的选择性剪切机制进行分析。

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