基于web的基因组序列分析及可视化开题报告

 2021-08-09 01:03:44

1. 研究目的与意义

我们从基因组序列中得到的信息,已经比到现在为止的所有生物研究积累的信息还要多。生物学第一次成为以数据(具体的序列数据)为根据与导向,而不是再以假说与概念为导向的科学。古代DNA的研究,也不再是因时间与过去了的环境而惟一不能在实验室重复的进化研究,从而揭示生命进化的奥秘与古今生物的联系。这就帮助人们更好地认识人类在生物世界中的关系。基因组学已经成为生物信息学的焦点之一,近年来,一些基因组的测序中心发布了大量的序列数据,同时采用了统计学的方法对基因组序列进行分析,寻找基因组中的重要的功能元件,并且产生了大量的基因组注释数据。本课题的研究就是基因组序列分析和数据的Web可视化应用系统方案,是注释数据的可视化Web服务,以供生物研究人员方便的分析使用注释数据,为下一步的研究工作奠定挤出。本课题研究开发了一个基于Web的基因组序列分析及可视化本系统,包括基因注释,转录调控分析等若干个功能模块。该系统从不同的方面依次提供了数据检索、基因注释、序列分析、数据可视化和数据分析等功能。

2. 国内外研究现状分析

目前,ncib(national center for biotechnology information),ucsc(university of california ,santa cruz)以及ebi(european bioinformatics institute),这三家国际机构已经建立了各自的基因组结构注释系统,并建立了相对高效的数据库,同时提供了web共享服务,可以对基因组结构注释结果数据进行检索及可视化浏览,他们的web服务从各个方面有所侧重的满足了生物研究人员的需求。

这三家机构对应的web服务系统分别ncbi的mapviewer(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview),ucsc的genomebrowser(http://genome.ucsc.edu/)以及ebi的ensembl系统(http://www.ensembl.org)基因组结构注释数据主要来源于基因组结构自动注释系统。

在基因组上注释蛋白质编码基因的方法有许多种,例如蛋白质序列比对定位方法,全长mrna定位,从头预测方法,采用est序列片段识别方法等。

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3. 研究的基本内容与计划

dna测序的一般方法1.dna测序的基本原理 dna序列测定的工作基础是在变性聚丙烯酰胺凝胶(测序胶)上进

行的高分离度的电泳过程。这些所谓的测序胶能在长达500bp的

单链寡核苷酸中分辨出一个脱氧核苷酸的差异。操作时,在相应

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4. 研究创新点

MySQL快速可靠,开发平台为Ubuntu,安全稳定,兼容性强

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