第二代高通量测序数据的差异基因表达分析研究开题报告

 2021-08-08 15:09:48

1. 研究目的与意义

在细胞的生命活动中,把基因中的遗传信息经过转录和翻译,指导合成具有生物活性的蛋白质分子的传递过程称为基因表达。

基因表达的作用是通过基因中的编码信息来控制蛋白质的合成。

转录使遗传信息从dna流向rna。

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2. 国内外研究现状分析

目前用于筛选差异基因的常用方法有如下几种:dd-pcr、gene-fishing、gene chip、高通量测序等,简单介绍如下:ddrt-pcr技术即mrna差异显示聚合酶链式反应技术,此技术是以pcr技术和聚丙烯凝胶电泳技术为基础,结合银染或放射性自显影等显色技术,能快速有效地鉴定并克隆两个或多个平行材料之间的差异表达基因。

genefishing技术用来检测不同样品间的表达差异。

该技术着眼于解决目前用来检测基因表达差异的方法所面临的问题,如芯片技术和差异显示技术。

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3. 研究的基本内容与计划

使用基于读段数据的方法来进行差异表达分析,如deseq2、bayseq、edeger、voom、samseq、sseq、noiseq等,基于读段数据的方法通常用r/bioconductor实现,能方便处理每个基因的读段数据和快速推断出差异表达的结果。

利用数据可视化技术在获得数据分析结果后,生成多种不同类型的图来展示结果。

使用meta-analysis荟萃多方结果,扩大样本量,得出更可信的结果。

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4. 研究创新点

(1)使用meta-analysis元分析,利用统计学方法,将所有同一目的的不同研究结果进行合并,扩大样本量,得出更可信的结果(2)为研究人员提供一个基于PyQt5开发的图形用户界面,方便日常使用

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