整合二代和三代转录组测序发掘基因可变剪切位点的研究开题报告

1. 研究目的与意义

随着三代测序技术的发展，原始序列的读长不断得到提升。

相较于二代的转录组测序，三代测序能够一次获得全长转录本序列，不需要进行从头拼接。

然而，当前大多生物信息学分析工具都是基于二代测序的数据，针对基因可变剪接的分析通常需要参考基因组信息的辅助。

2. 国内外研究现状分析

随着测序技术的发展，第三代测序技术在全长转录组测序上得到了很好的应用，pacific的smrt已经被广泛地使用，该公司还提供了iso-seq来为转录本文库构建、大小选择、测序数据收集和数据处理提供平台。

可变剪接对蛋白质有着很大的影响，国内外有着很多针对可变剪接的研究，比如发现在人类的多外显子基因中发现95%的基因出现as现象。

xiaoxian liu等人做了从没有参考基因组的单分子长读长序列中检测可变剪接的转录物同种型的研究。

3. 研究的基本内容与计划

⑴查看第三代测序技术全长测转录组和可变剪接的国内外文献；总结项目的重点、难点以及创新点；完成开题报告及相对应的文献综述。

时间约3周。

⑵设计研究路线和技术方案，考虑需求。

4. 研究创新点

⑴适用于第三代测序数据，使用读长长的转录组，并查找每条转录组数据的分裂位点。

⑵对每个分裂位点进行量化以揭示整个转录组中转录的多样性，并将假定的基因亚型分组成基因簇。

⑶提供了一个可供选择的步骤，用第二代测序数据，然后通过识别独特的连接序列（junction reads）来验证可变剪接位点，这易于揭示和量化组织特异性可变剪接事件。