水稻种子小RNA调控网络的构建开题报告

1. 研究目的与意义

1.小rna的发现小rna(small rna)作为基因表达的抑制子广泛存在于植物、真菌和动物中。

这些21～26nt长的小rna有各种表现形式：小干扰rna(short interfering rnas, sirna)、小时序性rna(small temporal rnas, strna)、异染色质sirna(heterochromatic sirna)、小非编码rna(tiny noncoding rna)、微小rna(micrornas, mirna)等。

它们中的有些名称是在研究过程中的非规范命名，小rna主要包括sirna和mirna两大类。

2. 研究内容和预期目标

研究目标：（1） 研究比较水稻种子中的small rna高通量测序数据，挖掘组织器官特异表达的小rna分子；（2） 利用降解组数据，分析small rna的靶基因，并建立数据库。

研究内容：（1）水稻高通量测序原始数据的获得与分析；（2）microrna的表达量定量；（3）non-microrna数据的定量；（4）差异表达small rna的鉴定与靶基因的预测；（5）构建水稻种子中特异small rna调控网络。

拟解决的关键问题：small rna在植物的生长发育过程中发挥了非常重要的作用。

3. 研究的方法与步骤

研究方法：（1）小rna的数据来源：小rna数据主要来自于ncbi的geo数据库，下载geo中来自水稻的不同组织small rna原始测序数据(.fastq)。

（2）数据初始分析：将不同的测序数据进行整合，去除载体序列和均一化。

对序列的组成进行分析。

4. 参考文献

smallrna在植物的生长发育中具有重要的作用，世界上有很多实验室都进行了水稻等植物的高通量测序工作。

然而这些数据大多都没有被深入的分析和利用，特别是整合不同来源的数据进行分析是今后生物信息学分析的热点（大数据分析）。

本项目的特色和创新之处就在于利用了所有的测序数据，这样分析的结构更有说服力。

5. 计划与进度安排

2022.7-2022.9 学习基本的生物信息学方法，包括Linux系统和常用生物信息学软件；2022.10-2022.11 完成小RNA数据的下载，整合和miRNA的定量分析；2022.11-2022.12 鉴定获得所有组织特异表达的小RNA；2022.1-2022.3 对小RNA的靶基因进行基于降解组的预测；2022.4-2022.5 构建小RNA-target的数据库和基因表达调控网络。