1. 研究目的与意义
一、本课题的意义microrna是一类非编码的内源小分子rna,长度22nt左右,由一段70~80nt的具有发卡结构的单链rna前体加工形成,可能参与了复杂的基因表达调控过程,并决定了一些生物发育及其行为等变化。
大豆作为一种世界上重要的经济作物,同时提供重要的蛋白和油料资源,既可以作为食物,也可用作饲料。
大豆已经能够进行高质量的基因组测序[1] ,且在大豆中找到了许多与大豆生长发育相关的microrna ,大量研究表明,mirna 在调控大豆种子品质、根系生长,共生固氮、调节花期和开花时间、产量形成等过程中扮演重要角色。
2. 研究内容和预期目标
一、研究目标:1、 完成构建大豆microrna调控网络数据库;2、 得到大豆中完整的经降解组验证过的调控网络及不同家族的microrna调控网络;3、 利用所得网络关系进行预测,并提供具有价值的尚未进入深入研究的microrna及其靶基因调控关系,在大豆生长发育、抗逆抗病中的重要作用。
二、研究内容:1、收集已报道的大量大豆microrna及降解组数据,对大豆microrna靶基因进行预测,从而建立调控网络。
利用所有的基础数据建立大豆microrna调控网络数据库,以方便科研工作者工作信息采集查询。
3. 研究的方法与步骤
4. 参考文献
利用已有降解组验证microRNA及其靶基因的调控关系,使得数据库中的预测信息准确可信;利用生物信息学分析的方法预测验证;在NCBI等数据库中已有的大数据基础上,进行整理、分类和分析。
5. 计划与进度安排
2022.8.2~2022.8.23 microRNA数据分析和相关软件学习及练习2022.8.24~2022.8.31 大豆microRNA信息和大豆降解组文库信息收集2022.9.1~2022.10.1 原始数据处理,HTML、MySQL、PHP语言学习2022.10.8~2022.11.1 基本数据获得,建立数据库雏形,并构建大豆的Network2022.11.2~2022.12.2 完善数据库功能,对建立的Network进一步分类、分析
