1. 研究目的与意义
染色体工程是转移和利用亲缘物种有利基因，拓宽栽培植物遗传基础和培育优良品种的重要途径。传统的染色体工程技术依赖于细胞学鉴定技术的发展和利用，对于外源染色体片段的追踪鉴定存在工作量大、费时费力等缺点，同时对于一些较小的易位系和渐渗系无能为力，对大群体的筛选也存在很大困难。分子标记技术的发展为染色体工程的发展提供了新的有力工具，大大加快染色体工程的发展，特别是与细胞学标记相结合，不但提供了效率，更显著提高了准确性。因此，开发百萨偃麦草6j染色体特异标记对鉴定6j的结构变异体具有重要的作用。
广义的分子标记是指可遗传的并能够检测到的dna序列和蛋白质，包括dna标记和蛋白质标记。狭义的分子标记，即通常所说的分子标记是dna标记，是指在基因组中有特定位置的一段dna序列（或小到1个碱基），能够揭示不同物种或品种间基因或重复序列的遗传多样性，具有数量多、使用简单、可以区分纯合体和杂合体等优点，在遗传作图、基因定位与克隆等研究中得到广泛应用。分子标记技术在鉴别外源染色体身份和部分同源性，染色体物理图谱构建，分子标记辅助选择加快易位系选育等方面，有着广泛的应用[1]。刘金元等利用rlfp标记对小麦白粉病基因pm2和pm4a进行了标记辅助选择[2]。
常用的分子标记包括三种类型，一是基于southern blotting的rflp(restriction fragment length polymorphism)标记，二是基于pcr扩增的分子标记，三是基于测序的snp(single nucleotide polymorphisms)标记，其中基于pcr扩增的分子标记由于开发设计简单、多态性高、使用方便和成本低等特点，目前得到了广泛的应用。基于pcr扩增的分子标记包括rapd（random amplified polymorphic dna）、ssr（simple sequence repeat）、sts（sequence tagged sites）、scar（sequence characterized amplified regions）和aflp (amplification fragment length polymorphism)等。
2. 研究内容和预期目标
研究目标
通过对百萨偃麦草转录组序列的比对分析，开发出百萨偃麦草6j染色体特异的分子标记，用于鉴定6j的结构变异体，并完善6j染色体物理图谱。
研究内容
3. 研究的方法与步骤
研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析 实验方案 实验目的：基于转录组序列的开发与应用 实验品种：中国春，中国春-百萨偃麦草双二倍体，中国春-百萨偃麦草添加系和代换系，百萨偃麦草6J染色体结构变异体。 实验地点：细胞所 实验设置： 1. 分析对比百萨偃麦草转录组序列，并设计开发百萨偃麦草6J染色体特异标记。 2. 利用中国春-百萨偃麦草添加系和代换系对设计出的分子标记进行鉴定，得到6J染色体特异标记。 3. 利用已有的百萨偃麦草6J染色体结构变异体对这些标记进行定位，并做出物理图谱。 4．利用这些标记对新的6J染色体结构变异体进行定位。 技术路线 可行性分析 前人研究已得到百萨偃麦草转录组数据，并有大量的6J染色体结构变异体。只要在前人的基础上开发出6J染色体特异的分子标记，就能得到所需要的实验结果。 |
4. 参考文献
本试验通过对百萨偃麦草转录组数据的对比分析，开发出有效的6J染色体特异标记，并通过对这些标记进行定位，得到6J染色体的物理图谱，开发出的新的特异标记也可用于鉴定新的结构变异体。
5. 计划与进度安排
1. 利用转录组序列开发标记。
2. 筛选6j染色体特异标记。
3. 利用现有的结构变异体进行标记定位。
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