跳虫宏线粒体基因组组装技术初探开题报告

 2023-02-19 08:02

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

本课题的意义、国内外研究概况、应用前景等(列出主要参考文献)

跳虫(springtails),又称粘管虫(collembolans),是弹尾纲(collembola)动物的俗称。它广泛分布于全世界的各种陆生环境,其种类和数量都很丰富,是三大土壤动物(线虫、螨、跳虫)之一。它不仅能直接分解腐败植物,也能间接影响真菌的分布和生长,因此是土壤中最重要的功能类群之一[1]。因此,将跳虫作为土壤动物的模式物种,对其进行准确物种鉴定是研究和利用生物多样性的关键基础条件之一。

自20世纪80年代后期pcr革命开始以来,dna测序已被广泛用于生物多样性研究[2]。这些研究生产了数十万个物种的基因序列数据,特别是rrna和线粒体基因的序列,其中包括cox1(或coi)“条形码”标记[3],为此后的研究贡献了大量的资源。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标

构建跳虫宏线粒体基因组组装技术实验体系,初步探索该技术所得组装结果的可靠性与准确性。

研究内容

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3. 研究的方法与方案

研究方法

本实验从dna分类学的角度,以线粒体coi基因作为分子标记,对不同种样本进行dna提取,对所提取dna进行混合,利用hiseq x tenpe150平台进行高通量测序,选择合适的生物信息学软件进行筛选和组装,分析所得结果。

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4. 研究创新点

1.将重点转移到对混合物种而不是对单个物种的研究上。

2.结合第二代测序技术,解决了DNA条形码技术中无法针对大量样品进行处理分析的缺陷。

5. 研究计划与进展

2018年9月-2018年12月:

对单个样本进行dna提取,扩增目标片段,送至测序公司进行一代测序获取条形码;等量混合各样本dna,扩增目标片段,送至测序公司高通量测序获取迷你条形码;混合样本送至测序公司进行高通量测序获取线粒体基因组数据。

2019年3-4月:

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