1. 研究目的与意义
银杏（ginkgo biloba l.），为银杏科、银杏属落叶乔木。
银杏为中生代孑遗的稀有树种，现存活在世的银杏稀少而分散，仅浙江天目山有野生状态的树木。
本次研究采用二代基因测序技术对银杏进行全基因组测序，旨在从银杏全基因组测序结果中分离出线粒体基因组的短序列，而后进行线粒体基因组序列的拼接并完成基因注释，以期能从分子水平为银杏线粒体的研究提供理论依据。
2. 国内外研究现状分析
高等植物线粒体基因组在目前已知生物中最大、最复杂的，阐述了高等植物线粒体基因组的最新研究进展。
在高等植物中，细胞器基因组包括叶绿体基因组和线粒体基因组。
1997年，拟南芥（arabidop-sis）线粒体基因组第一个完成全测序，截止到2010年4月1日，共报道有20种高等植物的线粒体基因组完成全测序，其中包括8种双子叶植物、11种单子叶植物和1种裸子植物。
3. 研究的基本内容与计划
研究内容： ①采用二代基因测序技术完成银杏全基因组测序 ②采用比对法从银杏全基因组测序结果中找出线粒体基因组序列短片段 ③采用samtools软件完成银杏线粒体基因组序列的拼接 ④采用dogma软件对序列进行基因注释要求：认真按照拟定方案开展相关实验，合理安排实验进程，发挥主观能动性，开拓创新思维，遇到疑惑，要积极查阅相关文献资料。
计划：应用二代基因测序技术、比对法、samtools软件、dogma软件对实验数据进行采集处理和分析。
了解银杏全基因组测序的技术方法，熟悉基因组序列拼接软件samtools的使用方法，能运用dogma软件对基因进行注释。
4. 研究创新点
植物线粒体基因组具有大且大小可变,外源迁移序列,重复序列具有重组活性,存在多元的亚基因组分子,基因表达依赖于广泛的rna编辑等复杂特征。
同时,线粒体基因组异常的序列重组,导致形成一些嵌合基因,而大量研究表明植物细胞质雄性不育因子与线粒体的一些嵌合基因相关。
利用生物信息学方法，对现有海量的生物基因组数据（或est序列数据）中的ssr信息进行分析，是成功开发ssr标记的重要环节。
