1. 研究目的与意义
基于凝胶的定量蛋白质组面临着几个主要问题需要解决。一是银染虽然比考染的灵敏度高,但其有限的动力学范围不适合蛋白质的定量;二是更加敏感的银染方法又不能与基于质谱的蛋白质鉴定技术兼容(当然最近技术发展报道,电泳后Sypro家族荧光染料的出现,可以提供了比银染更好的动力学范围);三是电泳胶的重复性问题;最后是不同胶板间结果的归一化问题。而荧光差异凝胶电泳(DifferenceGelElectrophoresis,DIGE)的引入使得在同一块胶上分离两种或更多的蛋白质样品混合物,这样可以减少实验误差带来的变异。2-DDIGE具有4-5级的线性动力范围,而考马斯亮兰和银染的仅为1-2级。比传统的2-D具有更高的动力学范围和灵敏性。该方法通过引入内标使得多个样品在一块胶上分离,进而减少了技术变异引起的误差。2-DDIGE结合质谱、生物信息学及高可信度的统计分析使得成功地定量、鉴定植物蛋白质成为可能。
通过DIGE蛋白质组技术,建立杉木种子荧光差异体系,进行检测及评估,探讨其先进性以及不足,为国内外学者提供借鉴,进一步推动DIGE技术在植物蛋白质组学方面的应用研究。
2. 国内外研究现状分析
dige技术最早在1997年由jonminden实验室的unl等提出,后来amresham公司成为此技术的主要推动者。2002年gharbi等巧妙地将所有实验组的样品等量混合为内标用在每块胶上。不久,amresham公司便将内标作为dige实验设计的核心原则之一,从而使dige发展成为更加趋于成熟的体系。
目前,dige技术已成为研究蛋白质组学必不可少的方法。其主要流程包括样品的获取、样品的标记与混合、经2-d分离、多功能激光扫描仪获取图像以及差异分析和定量等步骤。
目前最常用的dige荧光标记试剂是来源于n-羟基琥珀酰亚胺衍生物的荧光染料cydyes(cy2,cy3和cy5)。主要包括两种标记方法:饱和标记和最小标记。
3. 研究的基本内容与计划
研究内容:杉木种子荧光差异电泳体系的建立
计划书:
1、获取样品
4. 研究创新点
填补国内对于杉木种子蛋白质组学研究方面的空白,建立完善的杉木种子蛋白荧光差异电泳体系,对相关研究内容提供一定的借鉴作用。
