鹅掌楸脱水素基因的克隆及其编码蛋白结构预测开题报告

 2021-08-08 22:41:32

1. 研究目的与意义

基因分化模式与物种适应及种间分化密切相关,因此,分析与适应性相关基因的种间进化差异是破解种间适应性进化之谜的钥匙。

该课题以鹅掌楸为材料,依据脱水素与木本植物耐寒、耐旱及休眠休密切关系,从而对鹅掌楸脱水素基因进行克隆与序列分析,期望能为从基因水平探讨鹅掌楸适应性进化提供参考。

2. 国内外研究现状分析

代龙军和黎瑜通过保守的k序列对已有转录组测序组装序列(tsa)数据进行搜索,得到的序列通过软件拼接出的hbdhn2是包含完整开放阅读框(open reading frame,orf ) 的非冗余 tsa 序列。

再通过设计特殊引物,pcr,切胶回收,测序来验证,获得巴西橡胶树(hevea brasiliensis)的hbdhn2序列。

马慧等在植物est序列和genbank中广泛查询dhn基因的相关序列信息,通过同源克隆获得中间片段,再用3race获得3末端,软件分析了orf,得到序列全长。

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3. 研究的基本内容与计划

研究内容: 从鹅掌楸est数据库中寻找具有相关功能的序列,设计引物,采用rt-pcr和race 技术,得到从马尾松中克隆得到lcdhn基因的全长。 利用orf finder工具,确定该基因的开放阅读框。 利用blastx工具进行其他物种的同源氨基酸搜索,利用dnaman软件对同源氨基酸进行多重比对,clustalx和mega 4.1软件构建系统进化树。 利用在线分析生物软件expasy和dnaman对鹅掌楸lcdhn基因编码的蛋白质的一级结构进行分析。 利用antheporot 软件分别利用 gor、gib、lev、dpm 这四种算法对鹅掌楸lcdnh基因编码的蛋白进行二级结构的分析;利用在线生物软件对lcdhn编码的蛋白质的三级结构进行预测。

研究计划:

12.152.28:根据所选课题,阅读与之相关的参考文献,撰写开题报告。

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4. 研究创新点

针对鹅掌楸脱水素的研究,此类研究资料比较少。

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