玉米BTB基因家族的生物信息学分析任务书

 2022-11-15 10:04:41

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

1. 掌握植物基因家族成员的鉴定、染色体分布和复制事件、系统发育、基因结构和保守基序、基因表达分析等方法。

2. 鉴定出玉米基因组中的BTB基因,明确其进化历史与机制、基因表达模式、蛋白质互作情况等。

2. 实验内容和要求

1.玉米中btb基因的系统鉴定。通过关键词搜索、blast比对等手段鉴定出玉米中btb家族所有成员;

2. 基因复制和系统发育分析。通过分析btb基因的复制事件和系统发育关系,明确该家族的进化历史与机制;

3. 基因结构和保守序列分析。通过将cdna序列与基因组序列比较,确定基因的外显子/内含子结构;通过检索meme数据库等分析蛋白质保守序列;

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3. 参考文献

[1] stogios p j, downs g s, jauhal j j, et al. sequence and structural analysis of btb domain proteins [j]. genom. biol., 2005, 6(10): r82.

[2] li j h, su x x, wang y l, et al. genome-wide identification and expression analysis of the btbdomain-containing protein gene family in tomato [j]. gen. genom., 2018, 40(1): 1-15.

[3] 蔡娟. 陆地棉btb蛋白的生物信息学分析、克隆和功能的初步研究[m]. 西南大学,2016.

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4. 毕业设计(论文)计划

2022年11月-2022年12月,查阅相关文献,熟悉各种生物信息学数据库和软件;

2022年1月-2022年3月,完善技术路线,开展各种分析;

2022年4月-2022年5月,分析和整理实验结果,撰写论文。

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