1. 研究目的与意义
鱼类遗传育种、资源评估和起源研究经常要提取mtdna，但目前国内对淡水鱼和海水鱼mtdna的提取，特别是鲀目mtdna提取尚无系统的比较研究。
研究成果将为探索鲀目种间的分子遗传距离和相对亲缘关系，进一步深入研究鱼类mtdna基因组的结构与功能、鱼类分子进化、种群间的联系、不同地理和水域之间的种质鉴定和特有种的保护提供有价值的实验数据。
鲀形目鱼类为辐鳍鱼纲的其中一目。
2. 研究内容和预期目标
在核酸分子水平上对鱼类进行种质鉴定、多样性评估，并探讨它们的亲缘关系和系统演化，是目前鱼类遗传育种、资源评估和起源进化研究最有效的手段。
本文拟选取线粒体nd5基因进行研究，采用pcr方法，从暗纹东方鲀肝组织线粒体细胞中克隆nd5基因序列并测序，经过生物信息学软件分析比较暗纹东方鲀的nd5基因序列与已知的鱼类序列的同源性程度，同时通过系统发育分析方法对nd5的基因序列结构作相应分析，为进一步研究nd5的功能提供实验数据。
主要研究内容：（一）鲀科鱼类基因组dna的提取（二）暗纹东方鲀线粒体dn5基因的克隆和鉴定；（三）鲀目鱼类nd5基因序列分析以及系统进化树的构建。
3. 研究的方法与步骤
(一)鲀目鱼类dna的分离方法优化；1.1 实验材料和试剂：选取暗纹东方鲀，活体解剖取肝脏或肌肉，用ste缓冲液漂洗后，-80℃保存备用。
限制性内切酶为takara公司产品，dnase i、rnase a、protinase k为sigma公司产品，其他试剂均为分析纯产品。
1.2 方法：酚氯仿抽提法，取鱼背部肌肉适量于 1.5 ml的 eppendorf 管中，用蒸馏水、te（10 mmol/ltris.hcl，1 mmol/l edta，ph8.0）缓冲液浸泡，直到组织中无酒精味。
4. 参考文献
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5. 计划与进度安排
1、2022年3月1日～2022年3月25日，接受任务、查阅和翻译文献、撰写及完成开题报告；2、2022年4月5日～2022年5月4日，原材料制备，完成实验前准备工作，配制各实验所需药品；学习提取鱼的基因组dna，学会使用pcr仪，对pcr反应体系，循环参数进行摸索和调整等措施，学会制胶，学习制备感受态细胞，pcr目的基因。
3、2022年5月5日～2022年5月27日，完成pcr扩增产物的鉴定与割胶回收，回收纯化产物与载体连接，转化到大肠杆菌dh5α感受态细胞中，利用白斑筛选阳性克隆，用质粒dna小量试剂盒提取质粒，用双酶切鉴定阳性菌落，阳性菌落质粒dna送到生物公司进行测序。
4、2022年5月28日～2022年6月13日，整理实验数据，用blastn，clustalx，mega3.1软件对所测序列编辑，排序；并且采用kimura双参数法模型计算遗传距离，构建系统树（nj树）。
