1. 研究目的与意义
单核苷酸多态性( single nucleotide polymor-phism, SNP)，继限制性片段长度多态性(restrictionfragment length polymorphism, RFLP)和微卫星多态性(microsatellite polymorphism)这两种遗传标记之后，成为第三代分子标记。SNP是同一物种不同个体间染色体上遗传密码单个碱基的变化，主要表现为基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入或缺失等。尽管原则上有4种核苷酸，但SNP通常具双等位基因多态性,其突变率相当低，是一种稳定的突变，其等位基因频率都可估计出来，比之前的分子标记更为有用。SNP在基因组中的分布较微卫星标记广泛得多，串联重复的微卫星位点相比，SNP是高度稳定的。由于SNP是很稳定的遗传标记，在群体中是双等位基因的，进行群体研究时，用多种技术可以很容易地估计出群体等位基因的频率，且目前已开发出了许多自动操作的技术，分析结果可由计算机处理。因此，基于SNP的广泛应用于遗传图谱构建、重要基因的定位等研究中。
杞柳(Salix integra Thunb.)为杨柳科柳属(Salix)多年生落叶灌木，主要分布于北半球的温带地区，在我国主要分布于东三省、河北及山东省。其发达的根系主要集中在30cm以内的土层中，是一种优良的水土保持、防风固沙树种。杞柳枝条柔软、韧性强，也是编织工艺品的主要材料。杞柳生长速度快、产量高、耐干旱贫瘠、适应性强，具有潜在的可再生能源而被广泛应用。木本植物模式树种杨树的生殖周期较长，一般为7～8年，而杞柳一两年就可以开花，因此可以开发杞柳作为木本植物研究的模式树种。目前我们已经完成了全基因组的测序和两个Run的转录组测序工作，采用高通量测序技术进行SNP查找是一种快速有效的方法。通过全基因组SNP的查找，为杞栁基因组作图、性别基因的定位等研究奠定了基础。2. 国内外研究现状分析
目前人类基因组研究中snp的研究最为广泛。
除此，在果蝇、鸡、犬类、猪、绵羊、牛等动物上也开展了snp研究。
在植物中展开snp广泛研究的种类则较少，近年仅在玉米、大麦、小麦、番茄、水稻等农作物上开展了此项工作，人们期望利用基因编码区内及其附近的snp在大量的苗木中就重要农艺性状进行直接的选择。
3. 研究的基本内容与计划
1. 通过454测序技术已获得杞栁全基因组和两个转录组序列信息，已全基因组序列为参考序列，将转录组的reads mapping到全基因组序列上。
2. 熟悉mapping，blast等生物信息软件的使用特点及使用方法，谨慎选择软件，严格按照要求操作。
3.采用软件识别的snp进行认真、准确分析，设置90%的变异为可接受的snp，从中筛选出准确可靠的snp位点，对找出的snp进行分类，分析转换、颠换、插入及缺失四种类型的比例。
4. 研究创新点
snp主要表现为基因组核苷酸水平上的变异引起的dna序列多态性，是一种稳定的突变，使用自动操作技术，利用计算机软件对结果进行处理。
snp广泛应用于遗传图谱构建、重要基因的定位等研究中。
对开发作为木本植物模式树种的杞柳进行snp定位查找检测，为基因组作图、性别基因的定位等研究奠定了基础。
