1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
1、研究生物系统发育树的意义现代生物学的主要目标之一是研究生命的进化史和生物多样性产生过程。
而研究的主要对象就物种形成和物种灭绝及其相互作用。
物种形成和灭绝作用的影响和平衡是理解生态种群中分化模式形成的关键因素。
2. 研究的基本内容和问题
1. 项目研究目标1) 解释avida模型中发现的树平衡度的异常结果2）使用hm（heard and mooers）模型为框架，整合其他hm模型中不具备影响因素，建立新的体统发育模型。
2. 研究内容2.1 模拟大灭绝过程将大灭绝依照其类型分成三类：随机灭绝，高特征值灭绝和低特征值灭绝；使用mesa (macroevolutionary simulation and analysis)在linux系统下模拟大灭绝的发生过程；改变大灭绝的灭绝率验证灭绝率对树形平衡的影响。
2.2 调整模拟过程的时间长度将部分模拟过程时间进行延长，探查大灭绝对于树形平衡的长期影响。
3. 研究的方法与方案
1. 拟采取的研究方法与实验方案1.1 实验平台对于进化模拟，采用由paul-michael agapow开发的mesa软件包。
mesa软件包是专门为使用生灭模型研究长期进化历程中系统发育特征而开发的，并且特别适合计划性工作。
mesa的多种设定可以通过不同进化过程控制树形，并且同时测量系统发育特征值（平衡度和多梗度）。
4. 研究创新点
1） 在使用古生物学家普遍使用的恢复定义和实际恢复情况时，会发现hm模型中的结论是不成熟的。
本项目将会展示恒定物种多样性的反转过程可以导致不仅是在树形方面的不同街结论，也在剧增期、灭绝期和恢复阶段有着不同结论。
重点关注于发展期。
5. 研究计划与进展
1. 项目研究计划时间实验内容2015.9-2015.12模拟三种大灭绝过程；记录发育树的基本参数2016.1-2016.4调整模拟参数进行再模拟；对模拟过程中物种特种值分布进行分析2016.5数据汇总整理并进行综合分析，课题总结并撰写论文 2. 预期研究成果力争将相关研究成果写成学术论文发表。
