1. 研究目的与意义
研究目的: 这种方法广泛应用于药物、农药、化学毒剂等生物活性分子的合理设计,在早期的药物设计中,定量构效关系方法占据主导地位,1990年代以来随着计算机计算能力的提高和众多生物大分子三维结构的准确测定,基于结构的药物设计逐渐取代了定量构效关系在药物设计领域的主导地位,但是QSAR在药学研究中仍然发挥着非常重要的作用。
研究意义: 论文探讨神经网络、多元回归中的PCA、PLS等方法建立胺类有机物毒性定量构效关系模型,分析其预测效果,这对于掌握化学计量学建模方法的应用规律,拓展化学计量学应用具有重要意义。2. 国内外研究现状分析
定量构效关系是在传统构效关系的基础上,结合物理化学中常用的经验方程的数学方法出现的,其理论历史可以追溯到1868年提出的Crum-Brown方程,该方程认为化合物的生理活性可以用化学结构的函数来表示,但是并未建立明确的函数模型。最早的可以实施的定量构效关系方法是美国波蒙拿学院的Hansch在1962年提出的Hansch方程。Hansch方程脱胎于1935年英国物理化学家哈密顿提出的哈密顿方程以及改进的塔夫托方程。Hansch方程在形式上与哈密顿方程和塔夫托方程非常接近,以生理活性物质的半数有效量作为活性参数,以分子的电性参数、立体参数和疏水参数作为线性回归分析的变量,随后,Hansch和日本访问学者藤田稔夫等人一道改进了Hansch方程的数学模型,引入了指示变量、抛物线模型和双线性模型等修正,使得方程的预测能力有所提高。
几乎在Hansch方法发表的同时,Free等人发表了Free-Wilson方法,这种方法直接以分子结构作为变量对生理活性进行回归分析。Hansch方法、Free-Wilson方法等方法均是将分子作为一个整体考虑其性质,并不能细致地反应分子的三维结构与生理活性之间的关系,因而又被称作二维定量构效关系。二维定量构效关系出现之后,在药物化学领域产生了很大影响,人们对构效关系的认识从传统的定性水平上升到定量水平。定量的结构活性关系也在一定程度上揭示了药物分子与生物大分子结合的模式。
由于二维定量不能精确描述分子三维结构与生理活性之间的关系,1980年代前后人们开始探讨基于分子构象的三维定量构效关系的可行性。1979年,Crippen提出距离几何学的3D-QSAR;1980年Hopfinger等人提出分子形状分析方法;1988年Cramer等人提出了比较分子场方法(CoMFA)。比较分子场方法一经提出便席卷药物设计领域,成为应用最广泛的基于定量构效关系的药物设计方法;1990年代,又出现了在比较分子场方法基础上改进的比较分子相似性方法以及在距离几何学的3D-QSAR基础上发展的虚拟受体方法等新的三维定量构效关系方法,但是老牌的CoMFA依然是使用最广泛的定量构效关系方法。3. 研究的基本内容与计划
研究内容: 定量构效关系(qsar)是一种借助分子的理化性质参数或结构参数,以数学和统计学手段定量研究有机小分子与生物大分子相互作用、有机小分子在生物体内吸收、分布、代谢、排泄等生理相关性质的方法。
第一部分,熟悉已具备相关的算法和文献资料,查阅相关的资料和相似的论文。
第二部分,学习化学计量学并了解定量结构-活性关系(quantitative structure activity relationship, qsar)的基本概念及其在利用化合物的分子结构、理化性质对生物活性进行预测方面的应用。
4. 研究创新点
二维定量构效关系的研究集中在两个方向:结构数据的改良和统计方法的优化。
算法、人工神经网传统的二维定量构效关系使用的结构数据常仅能反应分子整体的性质,通过改良结构参数,使得二维结构参数能够在一定程度上反应分子在三维空间内的伸展状况,成为二维定量构效关系的一个发展方向。
引入新的统计方法,如遗传络、偏最小二乘回归等,扩展二维定量构效关系能够模拟的数据结构的范围,提高QSAR模型的预测能力是2D-QSAR的主要发展方向。