蓝莓脂肪酸去饱和酶基因的电子克隆与密码子优化研究开题报告

1. 研究目的与意义

1.1 研究背景

去饱和酶是多不饱和脂肪酸合成途径中的关键酶，它控制着多不饱和脂肪酸的不饱和程度。在植物中，饱和脂肪酸脱氢是一个很重要的生物学途径，它控制着pufas的不饱和程度，是脂肪酸去饱和酶基因（fads）将c-c单键转变为c=c双键，产生多不饱和脂肪酸（pufa），以此保持一定的生物功能以及膜流动性。因此fad蛋白的功能及其调控的研究具有重要的生物学意义。

经过前人大量的研究，多种模式植物已完成全基因组的测序，建立了众多分子相关的数据库以及各类生物信息学软件的开发和应用，我们可以借助一些生物信息学手段对目的基因进行电子克隆，从而能够快速获取大量的目的基因，用于进行具体的分析。

2. 研究内容和预期目标

2.1 研究内容

2.1.1 电子克隆获取蓝莓vcfad基因和开放阅读框预测

①构建重叠群：以蓝莓初始种子序列为基础，利用tblastn程序在genbank数据库中搜索蓝莓est序列数据库。选择blast获得的相似性较高的蓝莓est序列，利用dnastar软件对序列进行拼接，组成重叠群（contig）。

3. 研究的方法与步骤

本次课题拟定采用的方法和步骤如下：

3.1 蓝莓vcfad基因的电子克隆

方法：以为初始种子序列基础，在genbank数据库中搜索蓝莓est序列，利用dnastar软件拼接获取重叠群，利用生物信息学技术组装延伸蓝莓est序列，获取完整的蓝莓vcfad基因序列。

4. 参考文献

[1]李菊,谢红江,杨文渊,等.甜樱桃pagast基因的电子克隆及生物信息学分析[j].中国农学通报,2018(17):24-31.

[2]梅菊芬,徐德良,汤茶琴,等.茶树cslhcb4基因的电子克隆与生物信息学分析[j].江苏农业科学,046(009):51-55.

[3]李旭娟,刘洪博,林秀琴,等.甘蔗,knox基因(sckn1)的电子克隆及生物信息学分析[j].基因组学与应用生物学,2015,4(1):136-142.

5. 计划与进度安排

实验具体进度安排：

（1）2022年11月10日至2022年12月20日：

与指导老师见面，讨论，确定论文选题；