鹅掌楸基因组SSR标记开发开题报告

1. 研究目的与意义

研究目的：利用生物信息学法，通过与之前测序得到的未公开的序列对比，开发筛选出新的具有多态性的鹅掌楸基因组SSR标记。

研究意义：鹅掌楸是国家Ⅱ级重点保护野生植物，树干通直光滑，生长快，耐旱，对病虫害抗性极强，花大而美丽，秋季叶色金黄，似一个个黄马褂，是珍贵的行道树和庭院观赏树种，也是建筑及制造家具的上好木材。鹅掌楸因组SSR标记的开发，丰富了鹅掌楸及其近缘物种的特异性分子标记数量，对今后鹅掌楸种质资源改良，遗传多样性评价，分子标记辅助育种，基因在染色体上的定位及遗传图谱的构建具有重要意义。

2. 国内外研究现状分析

dna分子标记的开发对推动了解各个物种之间的遗传关系，构建遗传图谱，以及改良种植资源起到重要作用。传统的dna标记包括rflps（chaoetal.,1989），aflps等。虽然这些遗传标记能够反映出序列的多态性。但是它们的开发费事费力，有时也较难分析。

而如今由1-6个核苷酸为基本单位，首尾相连组成的简单重复序列（ssr）成为了近十几年来发展起来的第二代分子标记(schlottererandtautz,1992)。ssr标记的优点主要有：1）数量多，分布广泛(hamadaetal.,1982)；2）共显性遗传；3）高多态性，遗传含量丰富；4）高保守性和通用性等(petersenelal.,2009)。目前较为普遍的ssr标记筛选开发方式主要有以下四种：（1）直接文库筛选法；（2）富集法(ostranderetal.,1992)；（3）种间转移扩增法；（4）生物信息学法。

直接文库筛选法是开发ssr标记最经典的方法，利用这种方法，成功筛选出部分小麦(songetal.,2005)，甜瓜等作物的ssr标记。但是这种方式工作量大，假阳性率高，不能设计引物的无效克隆高，总之该方式效率较低。

3. 研究的基本内容与计划

研究内容： 1 利用之前测序实验得到的部分未公开的鹅掌楸基因组dna

序列，在数据库中搜索ssr位点，获取含ssr位点的序列。

2 设计ssr引物并进行筛选。

4. 研究创新点

1通过与之前测序得到的未公开的鹅掌楸序列对比，筛选得到的SSR标记不会与之前的同类研究重复。

2利用生物信息学法开发SSR标记。生物信息学法是近期发展起来的DNA标记开发方法。该研究对促进，完善生物信息学法开发DNA标记有重要的意义。