玉米小分子肽的生物信息学分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

课题意义：

最近研究表明，植物中一个或两个外显子编码的小肽直接影响植物的发育、繁殖和应激反应等多个方面。然而，普通的相似性搜索工具和基因预测技术通常不能识别大多数这一类基因。这主要是由于基因组序列之间的差异性和实验对验证小肽作为同源性搜索和从头预测的能力有限。因此，目前迫切需要实验和计算机对小肽基因家族的研究，以进一步推动小肽的准确预测。

研究概况：

2. 研究的基本内容和问题

目的：对玉米小分子肽的生物信息学研究，完善玉米基因组学的生物信息学序列比对

内容：通过spada软件对现有的玉米基因组注释完成改善和补充，尤其是拓展对玉米小分子肽的探索。

关键问题：探测现有的通用基因注释软件中玉米小分子肽的遗漏、错编信息，对其加以更正和完善。

3. 研究的方法与方案

研究方法：计算机spada软件

技术路线：

1、前准备

4. 研究创新点

之前的研究对拟南芥和苜蓿的研究比较多，避过了有庞大的基因组和高度重复序列的物种，如玉米。所以这个课题的选择加深了对之前研究的难度，程序运行前需要将高度重复序列掩盖（替换为N的重复序列）。通过掩盖这些基因组序列，挖掘共有基序步骤的目标数据库大小被有效地降低，显著提高了整个管道的搜索灵敏度。

5. 研究计划与进展

计划于3月底完成对玉米小分子肽的生物信息学分析，得出玉米小分子肽的完整基因组序列比对。目前进行到模型预测阶段。