玉米21nt phased siRNA分析开题报告

 2022-02-07 20:40:34

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

课题意义:拓宽植物中转录后调控机制的研究范围,有利于阐明植物中影响生长发育和响应生物及非生物胁迫的机制。弥补数据库的缺失,有利于相关研究人员对生物机制的理解。

国内外研究进展:

在植物中有一类重要的大小为21至24个核苷酸的小rna,这些简短的dna转录本在各种生物调节过程中起着至关重要的作用,例如生长发育,抵抗病原和表观遗传修饰。其中重要的一类就是phased, secondary, small interfering rna(phasirna)。phasirna是一类由mirna介导生成的首尾相连,具有相位排列结构特征的内源 sirna[1]。phased sirna在动植物中普遍存在。在双子叶植物中,产生phasirna的phas位点主要包含着抗病基因,而在单子叶植物中,phasirna大部分都由长链非编码rna(lncrnas)加工而来,并且与生殖生长有关[2]

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2. 研究的基本内容和问题

研究的目标、内容和拟解决的关键问题

目标:建立一个玉米的phasirna数据库

内容:收集玉米各个器官的srna二代测序数据、基因组和cdna测序数据;整理数据,转换格式并筛选;在linux平台上利用python语言分析找出phasirna;作图并分析结果,建立玉米各器官21nt phasirna数据库。

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3. 研究的方法与方案

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4. 研究创新点

特色或创新之处

严格筛选sRNA数据,建立含有物种信息、基因编号、initiator、cDNA注释、p-value、小RNA来源等的完善且可靠的玉米phasiRNA数据库;部分phasiRNA经过降解组的靶基因验证;

5. 研究计划与进展

研究计划及预期进展

2018.7-2018.11 收集数据,整理分析,建成数据库

2018.11-2019.2数据分析

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