斑马鱼Dicer蛋白生化活性的研究开题报告

 2022-02-08 20:09:50

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

microrna (mirna)是一类长度为22个核苷酸(nucleotide,nt)左右,在多细胞生物中广泛表达的非编码rna[1, 2]。

mirna主要通过结合靶基因mrna3非编码区的互补序列,从而降低靶基因的蛋白质翻译水平和/或mrna的表达水平[1, 3]。

mirna调控多种生理过程;mirna表达量的高低、变化可以反映生物个体、组织、细胞的表型,也可以用于人类疾病(如癌症)的诊断、预后以及治疗[2, 4, 5]。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标:从进化的角度阐明dicer剪切机制的保守性以及mirna表达的调控。

研究内容1)探究斑马鱼dicer是否能够独立剪切pre-mirna,其辅因子tarbp2是否能够增强它的剪切活性。

2)探究人,斑马鱼,果蝇dicer与其辅因子的作用机制差异产生的原因。

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3. 研究的方法与方案

技术路线构建表达载体 - 蛋白纯化-体外co-ip实验体外dicer剪切实验体外转录pre-mirnas 研究方法和实验方案1) 构建斑马鱼dicer蛋白和dicer辅因子tarbp2的表达载体2) 转染293t细胞,纯化蛋白3) 进行体外co-ip实验4) 根据mirbase,体外转录合成数以百计的斑马鱼的pre-mirnas5) 进行底物的dicer体外切割反应可行性分析 综合评估项目所在实验室的研究基础、设施条件;项目的研究内容和目的;实验人员,发现本项目的可行性较高。

项目所在的实验室长期从事mirna和相对特异性方面的研究,具有完成该工作所必须的相关经验和实验工具。

关于项目中涉及的相关技术(如分子克隆、报告质粒、细胞培养、细胞转染蛋白检测与纯化等)已相当娴熟,对于rna序列分析、二级结构预测、geo数据管理、规范化、分析和spearman相关性研究,实验室在之前发表的论文中已提供了一套完整的方法、步骤和策略。

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4. 研究创新点

本项目将首次构建完成斑马鱼Dicer蛋白的表达载体,并从进化的角度阐明Dicer蛋白的剪切机制和microRNA表达的调控。

5. 研究计划与进展

研究计划2017.10-2017.11 构建斑马鱼dicer蛋白的表达载体2017.11-2017.12 表达纯化斑马鱼的dicer蛋白和dicer辅因子tarbp2; 体外co-ip实验。

2017.12-2018.1 根据mirbase,体外转录合成数以百计的斑马鱼的pre-mirnas;体外dicer剪切实验。

2018.2-2018.4 对比人,果蝇dicer的生化活性,探究不同物种中dicer作用机制差异产生的原因。

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