1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
延胡索是一项重要的中药材，在全国范围有着大规模的栽培，但目前各地的延胡索种质资源基本上是从浙江一带引种，并且延胡索主要是块茎繁殖，退化现象比较普遍，对于延胡索的药用价值造成严重影响。评估不同产地的栽培延胡索在遗传分化的差异，探究遗传分化聚群和药用成分聚群间的联系，确定造成不同产地延胡索品质差异的因素。
国内对延胡索的研究目前集中于药材的真伪识别、不同品种延胡索的品质差异和药材形态比较、延胡索的栽培管理等方面，对于遗传多样性的研究少有涉足。延胡索的自然分布集中于长江中下游丘陵地带，呈片段化分布，野生种群数量较少，易受人为活动的干扰。dna分子标记能对生物的分类、遗传多样性、基因定位等方面提供重要的支持，应用于生物多样性的保护、生物种群的变异和分化、遗传多样性的维持机制等方面的研究。常用的分子标记包括dna序列和全基因组扫描两类，包括mtdna、cpdna、rapd、aflp、issr、ssr、snp等。叶绿体基因组在植物中为母系遗传，能保留较多的历史证据。ssr标记是广泛存在于基因组中的一种简单重复序列，被广泛应用于基因组图谱的标记和群体遗传学研究中。aflp的标记主要用于群体遗传和品种鉴定、系统进化等方面的研究分析，检测的多态性是由于限制性酶切位点的变化或酶切片段变化引起。发展出的msap是一种甲基化特异性的分子标记，可以对基因组上的甲基修饰序列进行特异性酶切。植物的dna甲基化在植物生长发育、环境适应性和方面具有重要作用，栽培群体种间甲基化多态性在多种植物上已被发现，而品种内株间往往没有甲基化多态性，且甲基化位点不随机，因此可以通过分析基因组甲基化程度和位点，比较不同栽培群体的遗传关系。msap是利用甲基化敏感性不同的酶对基因组进行酶切，得到不同的基因片段，通过比较不同群体在不同酶切条件下的条带和片段序列的差异性，可以进行遗传差异的研究。msap技术目前在水稻、棉花、苹果、拟南芥等植物上已开展了研究。
研究不同产地的栽培延胡索的遗传差异，调查野生延胡索遗传，分析出遗传和代谢间的联系性，有助于对延胡索品质的改良、调整延胡索的种植管理提供良好的科学指导。
2. 研究的基本内容和问题
本课题的研究目标是探索延胡索的栽培起源和分化迁移的途径，通过分析不同产地群体的延胡索在遗传上的差异性，得出延胡索群体的遗传联系及其聚群关系。把群体遗传分化的和化学特征的聚群相结合，分析遗传和化学代谢上的关联性，同时对野生延胡索的资源进行调查研究。
研究内容包括延胡索cpdna引物筛选、遗传多样性分析，核基因组的酶切片段的多样性分析，aflp、msap引物对筛选，酶切片段序列分析，群体关联性的分析，对野生资源的调查，对延胡索生境的研究等。
关键问题包括引物的筛选、酶切片段的甲基化差异性比较、延胡索群体的亲缘地理关系等。
3. 研究的方法与方案
从7个栽培延胡索群体中每个群体选取7-15个个体，提取基因组dna。
使用不同的甲基化特异性酶进行酶切，对酶切产物进行预扩增，使用多种引物对进行筛选，挑选出群体间片段差异明显的引物，进行选择性的群体扩增。
群体扩增后选出差异性片段进行回收，再次进行扩增并送测序。根据测得的序列，作种群间遗传距离分析、表观遗传距离和环境相关性分析、分子方差分析、群体的相似性分析、主成分分析，并进一步探究延胡索群体的群体遗传和药用成分间的联系。
4. 研究创新点
国内对于延胡索群体遗传上研究很少，还没有利用MSAP等分子标记技术来研究不同群体的甲基化特异性，对于利用MSAP的技术来尝试建立延胡索的环境因素和药用品质方面的联系性也属新颖。
采用毛细管电泳技术也属于新的尝试。
5. 研究计划与进展
2013.10－2013.11 对延胡索的所有群体样品进行整理登记，并提取基因组dna
2013.11－2013.12对延胡索群体进行叶绿体引物的筛选和扩增
2014.1－2014.2对延胡索群体进行微卫星的引物筛选和扩增
