番茄NADPH氧化酶1基因的克隆及生物信息学分析开题报告

 2022-01-22 23:30:23

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

本课题意义:本课题的意义、国内外研究概况、应用前景等(列出主要参考文献)nadph氧化酶(nadph oxidase)全称为烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶,是一个异源多聚体蛋白。

植物中又被称作呼吸爆发氧化酶同系物(respiraty burst oxidasehomologue, rboh)[1],是一类以胞质中的nadph为电子供体,将氧催化生成活性氧(reactive oxygenspecies, ros)的氧化酶。

rboh基因一般以基因家族形式存在,通过调节 ros的产生,在植物生长、逆境胁迫和细胞信号转导中起重要作用[2]。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标:探究nadph氧化酶1基因的克隆方法及生物信息学。

内容:对nadph氧化酶1基因进行克隆,对克隆产物测序,利用生物信息学手段分析。

拟解决的关键问题:得到测序正确的克隆产物

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3. 研究的方法与方案

研究方法:实验法,文献研究法,跨学科研究法,信息研究方法 技术路线:引物设计-提取番茄总rna-rtpcr-cdna文库-dna片段-构建克隆载体--产物测序-生物信息学分析实验方案:1、rboh1基因的提取(1)提取番茄rna、反转录cdna、并设计引物(2)pcr扩增预实验确定pcr扩增体系和条件:由引物的相关信息来推测其扩增时的退火温度,延伸时长等数据,因此需要多次梯度性的预实验来确定其最佳扩增条件。

(3)对pcr产物凝胶电泳检测步骤:制备琼脂凝胶、制备胶板、点样、电泳、凝胶成像观察(4)切胶回收在紫外灯下切下含有目的dna的琼脂糖凝胶、根据凝胶回收试剂盒具体步骤操作。

2、rboh1基因的克隆(1)双酶切:对目的基因、pet-28a( )进行双酶切获取带有活性端的基因片段。

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4. 研究创新点

1、运用番茄基因组测序成果。

2、生物信息学分析。

5. 研究计划与进展

(1)2017.11~ 2017.12 以论文题目为核心,查文献找资料。

(2)2017.12 ~ 2018.2 根据查找的数据和相关资料,对实验出现的问题不断修正,探究pcr反应的最佳条件。

(3)2018.3 ~ 2018.4 克服实验中遇到的困难,完成产物测序、生物信息学分析;结合资料,撰写论文初稿。

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