全基因组序列组装Arachne的分析及使用开题报告

1. 研究目的与意义

arachne可以实现小型到中型基因组的组装，2002年实现小鼠基因组的组装。

本课题根据相关文档熟悉arachne的使用，下载相关数据并对其性能进行评测。

测序技术是现在生物研究中重要的手段之一，自从1977年第一代测序技术问世以来，经过三十多年的不断发展，已经取得了很大的成就，并建立在第一代与第二代测序技术的基础上，第三代测序技术（以单分子测序为特点）已经诞生。

2. 国内外研究现状分析

（1）国内研究我国参与基因组工程，独立完成了百分之一人类DNA序列的测试拼接分析流程，并在世界上率先完成了水稻和家蚕的全基因组工作框架图，积累了一定的大型基因组工程项目的经验，完全有能力做好各种动植物全基因组序列组装的工作。

（2）国外研究国外专家学者对全基因组序列组装Arachne的分析及使用的研究起步比较早，早在1977年第一代测序技术就已经问世，在最近三十多年的努力发展下，测序技术已经取得了很大的发展，并且在第一代与第二代测序技术的基础之上，研究出了以单分子测序为特点的第三代测序技术，以及能够很好的理解测序技术的发展趋势以及在生命科学研究中的重要作用

3. 研究的基本内容与计划

研究内容主要包括以下几大功能模块：

4. 研究创新点

针对arachne序列拼接之中存在的问题，设计实现一头完整的后处理方案，主要思路是根据序列重叠和克隆两边末端序列的距离信息，合并，延展arachne生成的重叠群。

阐述后处理方案的主要步骤，给出详细的算法流程和结果分析。

阐述理想拼接软件的设计方案以及对原始数据的要求，讨论后续工作得主要方向，生物信息学是一个崭新的交叉学科，许多相关的生物、计算机、数学方面技术都在飞速发展，课题会对生物信息学的发展有一个展望。